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ClustalWでアライメント

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Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。

use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
use Bio::AlignIO;
use strict;
my $infile = 'test2.fas';
my $outfile = $infile.'.out';
my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'protein', 'matrix' => 'BLOSUM',
'outfile' => $outfile);
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
my $aln = $factory->align($infile);
my $string = Bio::AlignIO->newFh('-format' => 'clustalw');
print $string $aln;


01:use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
02:use Bio::AlignIO;
03:use strict;
04:my $infile = 'test2.fas';
05:my $outfile = $infile.'.out';
06:my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'protein', 'matrix' => 'BLOSUM',
07:'outfile' => $outfile);
08:my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
09:my $aln = $factory->align($infile);
10:my $string = Bio::AlignIO->newFh('-format' => 'clustalw');
11:print $string $aln;

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