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ClustalW,EMBOSSでの系統樹の書き方

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ClustalW

treeオプションで以下のように指定する。

% clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip

この結果、test2.phというファイルができます。

EMBOSS

EMBOSSで系統樹を書く方法はいくつかあります。

例えば、fdnadistとffitchを使ってみます。

% fdnadist -sequence=test2.aln -outfile=test2.fdnadist -method=f

% ffitch -datafile=test2.dst -intreefile=test2.ph -outfile=test2.ffitch

F84は距離計算の方法です。他にもkimuraの方法などがあります。

f (F84 distance model)

k (Kimura 2-parameter distance)

j (Jukes-Cantor distance)

l (LogDet distance)

s (Similarity table)


ffitchでのtreeファイルの読み込みはオプションです。

読み込ませない場合は-nointreefileと指定します。

インターラクティブモードでも実行できます。

結果としてtest2.treefileというファイルができます。

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