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BioPerlで塩基配列をアミノ酸配列に翻訳してみよう

2008-11-02
BioPerl
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この実習では塩基配列をアミノ酸配列に翻訳してみます。
これも今までどおり翻訳しろという命令があるので難しくありません^^

翻訳を行う命令は、
translate()
です。　
これもやはりSeq Objectが返ってくるので配列だけを表示するためには、
seq()
を追加する必要があります。

use Bio::Perl;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
print $test_dna->translate()->seq(),"\n";

実行結果をみると、配列が塩基配列ではA,T,G,Cの４文字だったのがいろいろとアルファベットが出ているので翻訳されているようですね。

ここでアルゴリズムの話になるのですが、アミノ酸配列に翻訳する時に考えなければならないこととしてDNA配列の1文字目から読み始めるか、2文字目、あるいは3文字から読み始めるかを考える必要があります。

これを指定する方法が　translace() に準備されています。

2文字目から開始されるフレームで翻訳を行う場合には、translate(undef,undef,2)　と、
3文字目からなら、translate(undef,undef,3) になります。

このオプションをつかったコードが以下です。実行してみましょう。

use Bio::Perl;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
$short_dna = $test_dna->trunc(10,20);
print "\n", $short_dna->seq(),"\n Translates to";

$translate = $short_dna->translate;
print "\nFrame1: " ,$translate->seq();
$translate = $short_dna->translate(undef,undef,1);
print "\nFrame2: " ,$translate->seq();
$translate = $short_dna->translate(undef,undef,2);
print "\nFrame3: " ,$translate->seq(), "\n";

ちゃんと、翻訳されてるか、コドン表をみて確認するといいでしょう。

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