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BioPerlで相補鎖をつくろう!

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相補配列を作る命令は
revcom()
です。ただし相補鎖の文字列ではなく、Seq Objectを返してくるから配列だけを返すように指定しなればいけません。

それでまずは相補鎖のSeq Objectを返すコードを実行しましょう。
use Bio::Perl;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
$rev_dna = $test_dna->revcom();
print "\n", $test_dna->seq(), "\n";
print "reverse\n", $rev_dna->seq(),"\n";


コード解説
01:use Bio::Perl;
02:$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
03:$rev_dna = $test_dna->revcom();
04:print "\n", $test_dna->seq(), "\n";
05:print "reverse\n", $rev_dna->seq(),"\n";

03:このrevcom() が、相補鎖を計算する命令にになっています。

そして、相補鎖を計算した結果である $rev_dna は、Seq Object、すなわち、データベースからとってきた配列情報以外も含んでいます。
そこで5行目が大事です。
05:Seq Objectから相補鎖の配列だけを表すため、相補鎖が入っている変数 $rev_dna に 配列だけを出力させる命令 seq() を組み合わせています。

このままでは、長すぎて見えないので、出力を more につなげて見てみましょう。

相補鎖になっているのは確認できましたか?

more をつかっても、やっぱり長すぎて、困るって人のために、
trunc() という関数を紹介します。

trunc(10,20) という命令は、 subseq(10,20) と同じように、部分配列を取り出す命令です。
しかし、文字列を返すsuqbseq(10,20) と異なり、 seq オブジェクトを返します。

それでは使用法を見てみましょう。
use Bio::Perl;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
$truncated_dna = $test_dna->trunc(10,20);
print "\n", $truncated_dna->seq(), "\n";
print "reverse...\n", $truncated_dna->revcom()->seq(),"\n";


01:use Bio::Perl;
02:$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
03:$truncated_dna = $test_dna->trunc(10,20);
04:print "\n", $truncated_dna->seq(), "\n";
05:print "reverse...\n", $truncated_dna->revcom()->seq(),"\n";

03:10番目から20番目の文字列だけを取り出してきています。

04:部分文字列を、 5行目で部分文字列の相補鎖を表示しています。

以上でBioPerlを使った相補鎖の作り方を終了します。

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