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BioPerlで分子量を計算してみよう

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この実習では、タンパク質の分子量の計算を行います。
分子量を計算するためには、use Bio::Perlに加えて、use Bio::Tools::SeqStats;の記述をします。

use Bio::Tools::SeqStatsの詳細が知りたい方は
perldoc Bio::Tools::SeqStats
でマニュアルを見てください。(なんとも自分勝手な筆者を許してくださいw)
ではプログラムコードを示します。
テキストエディタを開いて以下のコードをコピペしてください。
use Bio::Perl;
use Bio::Tools::SeqStats;
$test_seq = get_sequence('swissprot', "roa1_human");
$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_seq);
print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";

ファイル名はtest3.plとして保存します。

またそのファイルは
XPの場合 C:\Documents and Settings\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はマイコンピューター→Cドライブ→Documents and Settings→ユーザー名とクリックしていけばたどり着きます。
Vistaの場合 C:\Users\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はコンピューター→ローカルディスク(C)→ユーザー→ユーザー名でたどり着きます。

それでは、test3.pl の解説を行っていきます。

01:use Bio::Perl;
01:use Bio::Tools::SeqStats;
03:$test_seq = get_sequence('swissprot', "roa1_human");
04:$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_seq);
05:print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
06:$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";

01:C言語で言う#inculde
BioPerlを使ったプログラムを書きますよ~というおまじないだと思ってください。
BioPerlを使うときはいつでも書くと覚えておいてください。

02:BioToolをつかいますよー というおまじないです。
BioToolを使うときは必ず必要な記述です。

03:02:Perl では、$○○ と、$で始まる単語は変数といいます。
変数は値(データ)を入れる(記憶する)入れ物です。

すなわち、$test_seq というのは変数、すなはち入れ物を用意したわけです。

その入れ物に何かを入れろ!という命令 =以下に来ています。

get_sequence(□□□□) は、名前の通り、sequence をとってこい(getしてこい)という命令です。

□□□□の部分には、sequenceを取ってくるデータベース名と、 そのデータベースのID(アクセッションナンバー)を記します。
今回の場合、 Genbankというデータベースの、 roa1_human というタンパク質のデータを取ってこいと命令しています。

つまりまとめると02:では、Genbankからroa1_human というタンパク質のデータを取ってきて、$test_seq という変数(入れ物)の中に入れろ、という命令をしています。

04:この行で、分子量の計算を行っています。
命令は、Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt( ) という長めの命令になっています。

この命令の最初に注目してもらいたいのですが、02:と同じ言葉すなわち、Bio::Tools::SeqStats
が出てきていますね。

つまり04はBio::Tools::SeqStatsに含まれるget_mol_wt( )っていう命令を実行しなさいと書いてあります。日本語で言う"に含まれる"をPerl では、"->"であらわします。
私はなんとなく左の方が大きい感じがするから">"と覚えました。
正式な意味はわかりません><

そうしてget_mol_wt() の引数(括弧の中身)である$test_seq が、 何の分子量を計算するかを表しています。
05.06:長い文ですが、2行で一つの表示命令になっています。
C言語でいうprintfです。Perlではprintで表します。
つまりこの部分は計算結果を画面に表示しろという命令だけです。
長い割に内容が薄かったですねw

行をまたがるのはperlでは命令の区切りは、セミコロン(;)なので問題ありません。
セミコロンが出てくるまでが1つの命令なので注意してください。

ちなみに出力結果をみると、 between 38715 and 38715 と同じ数字がならんでいます。

それは分子量が曖昧なアミノ酸配列があるからなのです。
よくわからないと思いますので実際にアミノ酸コード表をみてみましょう。
アミノ酸コード表
上から順にみていくと・・・・

最後の方にB(Asx)やZ (Glx)が見つかると思います。これは2つのアミノ酸のどちらか一方をあらわしています。それで分子量が□から○といったように曖昧となるのです。

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