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BioPerlでBLASTを使ってみよう

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今回の実習では、データベースから取ってきたタンパク質にBLASTをかけて、その結果を roa1.blast というファイルに出力するということを行いたいと思います。

まずはテキストエディタを開いて
use Bio::Perl;
$test_seq = get_sequence('swissprot', "roa1_human");
$blast_result = blast_sequence($test_seq);
write_blast(">roa1.blast",$blast_result);

をコピペしてファイル名はtest2.plで保存してください。

またそのファイルは
XPの場合 C:\Documents and Settings\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はマイコンピューター→Cドライブ→Documents and Settings→ユーザー名とクリックしていけばたどり着きます。
Vistaの場合 C:\Users\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はコンピューター→ローカルディスク(C)→ユーザー→ユーザー名でたどり着きます。

それでコマンドプロンプトを起動したら
perl test2.pl
と入力しエンターを押しましょう。
そうするとNCBI(BLASTを提供する団体)のサーバーが相同性検索した結果がroa1.blastという名前で出力されます。この作業にはNCBIのサーバーの混み具合によってかかる時間が変わりますので、タイムアウトした場合には再実行してください。

そうするとtest2.plをおいたフォルダにroa1.blastというファイルができます。
中身をみるには拡張子の.blastを.txtに変更してテキストエディタなどでみてください。
データの見方についてはBLASTの解説で行いたいと思います。
少々お待ちください^^

プログラムコードの解説
01:use Bio::Perl;
02:$test_seq = get_sequence('swissprot', "roa1_human");
03:$blast_result = blast_sequence($test_seq);
04:write_blast(">roa1.blast",$blast_result);

実習1データベースから配列をとってこようから続いてきた方は01,02のコードについては解説済みです。03からごらんになってください。
01:C言語で言う#inculde
BioPerlを使ったプログラムを書きますよ~というおまじないだと思ってください。
BioPerlを使うときはいつでも書くと覚えておいてください。

02:Perl では、$○○ と、$で始まる単語は変数といいます。
変数は値(データ)を入れる(記憶する)入れ物です。

すなわち、$test_seq というのは変数、すなはち入れ物を用意したわけです。

その入れ物に何かを入れろ!という命令 =以下に来ています。

get_sequence(□□□□) は、名前の通り、sequence をとってこい(getしてこい)という命令です。

□□□□の部分には、sequenceを取ってくるデータベース名と、 そのデータベースのID(アクセッションナンバー)を記します。
今回の場合、 Genbankというデータベースの、 roa1_human というタンパク質のデータを取ってこいと命令しています。

つまりまとめると02:では、Genbankからroa1_human というタンパク質のデータを取ってきて、$test_seq という変数(入れ物)の中に入れろ、という命令をしています。

03:blast_sequence(□□□□) で、引数□□□□(括弧の中の文字列や引数のこと、この場合、$test_seq )のタンパク質に対してBLASTを実行しろと命令しています。

つまり03ではデータベースから取ってきたタンパク質 $test_seq に対してBLASTを実行しろと命令しています。

04:BLASTの結果をファイルに出力するのには、write_blastという命令を使います。

write_blast の引数には、
1.出力するファイル名、
2.BLASTの実行結果
を指定します。

これで解説は終了です。

ちなみにこのBLASTをかける方法は前回ローカルでBLAST解析 windowsXP編によって自分のパソコン内だけでBLASTを実行する方法をあげました。
今回のBioPerlでBLASTはPerlでネットワークを通じたBLAST解析を行う方法でした。 

またまたちなみにblast_sequence() は、 
$blast_result = blast_sequence('MFVEGGTFASEDDDSASAEDE');

のように、直接アミノ酸配列を渡すことも可能です。
しかし、DNA配列に対しては、実行することができません。

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