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windowsXPにBioPerlをインストールしよう

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windowsでBioPerlをインストールするには2段階ステップを踏む必要があります。
ちなみにこの方法によるBioPerlインストールはWindows XP SP3,Vistaで成功できました。

1) ActivePerl のインストール
2) BioPerl のインストール

です。

1) ActivePerl のインストール
activeperl1.gif
Nextをクリック
activeperl2.gif
I accept the terms in the License AgreementにチェックをいれてNextをクリック
activeperl3.gif
ここもそのままNextをクリックでかまいません。
ちなみに設定内容はインストールする機能を取捨選択できます。
デフォルトではすべての機能をインストールしているのでそれでかまわないと思います。
activeperl4.gif
この設定もいじらずこのままNextでかまいません。
説明すると、1個目のオプションでは、Perlコマンドをどこからでも実行できるように環境変数に加えています。これからのコマンドプロンプトを使った作業では必須です。
2個目のオプションは.pl拡張子のファイルをActivePerlに関連づけています。
これも便利ですのでいじらずに大丈夫です。
activeperl5.gif
Installをクリックしていよいよインストール開始。
activeperl6.gif
少し時間がかかります。
activeperl7.gif
ついにAcitivePerlのインストールを終えました。
このあと一回再起動しましょう。
無事インストールできたかためすには、再起動後コマンドプロンプトを起動して
perl -v
と入力してエンターを押してみましょう。(perlスペース-v)
インストールされたPerlのバージョンが出てくれば成功です。

*コマンドプロンプトの起動手順は
「スタート」→「すべてのプログラム」→「アクセサリ」→「コマンドプロンプト」
これからPerlを使う際には毎回起動するプログラムです。

インストールが確認できたら次のステップであるBioPerlインストールに向かいましょう。

2) BioPerl のインストール
BioPerlってのは、Perlっていうプログラム言語を通して使う便利ツールみたいなものだと思ってください。
このperl が使えるパソコンにBioPerllをインストールすることによって使えるようになります。
ではインストールに入りましょう
まずは、コマンドプロンプトを起動してください。

起動が終ったら、以下のコマンドを打ち込んでください。

ppm

エンターを押してしばらくするとPerl Package Manegerが起動します。

perl -MCPAN -e "install Bundle::BioPerl"
途中、いろいろと聞かれますが、基本的に全部 Enter キーを押していればOKです。

このコマンドが終了するまで、10分くらいかかります。
また、止まってるかと不安になる場面も何度かありますが大丈夫です。
辛抱強く待ちましょう。

BioPerl がインストールされていることの確認。
さて、ここでBioPerl がちゃーんとインストールできたかどうかの確認をしたいと思います。
コマンドプロンプトから次のように入力してください。
perl
use Bio::Perl
^D

^D は Ctrlキーを押しながら d を入力してください。 ^D の後に enter キーを入力するのを忘れずに。
インストールに成功していると何も問題なく、終了します。
インストールに失敗していると、 Can't locate Bio/Perl.pm in ... と表示されます。

では 次にBioPerlを使った実習をしましょう!

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