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Smith-Watermanアルゴリズム

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* Smith-Watermanアルゴリズム→ローカルアラインメントでは、アラインメントしたい領域が明らかでなく、2つの配列の部分的に良いアラインメントを求める必要がある。このようなアラインメントは、例えば、2つのタンパク質が共通のドメインをもっていたり、広い範囲のゲノムDNA配列の断片を比較する場合などに意味がある。例えば、2本の配列がその全体にわたって共通の祖先から進化したものではあるが、それらが非常に離れてしまった場合の配列の比較に適用できる。Smith-Watermanアルゴリズムは最適なローカルアラインメントを求めるアルゴリズムである

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