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ローカルでBLAST解析 windowsXP編

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ローカル版BLAST のインストールとセットアップ

Webサービスで解析ができるBLASTですが、今回はあえてローカル版BLASTを紹介させていただきます。

メリットとしては
・プログラミングすることで解析の自動化ができる。
 →そのため大量の配列の解析が可能に。
が一番大きいと思います。
Web版でのいちいち配列を貼り付けて・・・・ といった作業を省略できます。

で、そんなローカル版BLASTのセットアップ法です。対象はWindowsXP(SP3も可)です。

まず、BLASTのフォルダを準備します。この後コマンドプロンプトでの操作もあるため、私の場合は C ドライブの直下にblast という名でフォルダを作りました。

ローカルBLAST のダウンロードは、NCBI BLAST Download にいって、platform=win32-ia32 の blast をクリックします。

ポップアップしたウィンドウで Save をクリックして C:/blast/ を指定します。ダウンロード (10MB) が終了したら、C:/blast/ フォルダを開いて blast-2.2.15-ia32-win32.exe をダブルクリックします(できればコマンドプロンプトから実行してください(>C:/blast/blast-2.2.15-ia32-win32.exe)。インストール状況が確認できます。)。


次に環境変数を加えます。私の場合はシステム環境変数の Path の最後に C:/blast/bin; (←slash は backslash に変えて)を加えました。変更を有効にするためにコンピュータを再起動します。

ini ファイルを作ります。簡単です。ノートパッドを開いて

[NCBI]
Data="C:/blast/data/" ←slash は backslash に変えて

と入力し、C:/WINDOWS/ フォルダ内に ncbi.ini として保存します。

これでローカル版BLASTのインストールとセットアップが完了です。

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