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アラインメント

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* アラインメント→複数の配列を比較して、似ている部分同士を並べ合わせることです。置換、挿入、欠失の操作を用いて、もっともコストの低い組み合わせを探索して文字の一致数を最大にします。アラインメントには、類似性の高い部分を局所的に調べるローカルアラインメント(局所的アラインメント)と、配列全体の類似性を調べるグローバルアラインメント(大域的アラインメント)がある。例えば、2つのアミノ酸配列MIGMMITとMMIGPITは、局所的な類似性を考慮して、
  MIGMMIT
  ---MMIGPIT
のようにアラインメントをとることができる。このようなアラインメントをローカルアラインメントという。また、配列全体の類似性を考慮して、
  M-IGMMIT
  MMIGP-IT
のようにアラインメントをとることができる。このようなアラインメントをグローバルアラインメントという。

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