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2008年11月

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情報処理学会 第16回バイオ情報学研究会

2009年3月5日~6日に中央大学後楽園キャンパス(東京都文京区)にて
開催される第16回バイオ情報学研究会の講演を募集しているそうです。

申込締切(題名、概要のみ)は、1月7日で、原稿締め切りは2/4を予定しているとのことです。


*************************************************
情報処理学会 第16回バイオ情報学研究会のご案内
*************************************************

・日時:2009年3月5日(木)~6日(金)
・会場:中央大学後楽園キャンパス
    新3号館3階3300教室
〒112-8551 文京区春日1-13-27
http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/access/index_j.html
・宿泊:各自ご用意ください。
・申込方法
下記フォームに記入の上、Eメールにて申込できるそうです。

-------------------------------------------
宛先:sigbio@granular.com
件名:SIG-BIO発表申込
---------- 申し込みフォームここから ----------
(1) タイトル

(2) 著者名(略称所属)(発表者は名前の前に○)
(例:○生物 花子(A大),情報 次朗(B大))

(3) 概要(100~200文字程度)

(4) 連絡先
(勤務先,自宅)←いずれか指定
・ 郵便番号

・ 住所

・ 氏名(ふりがな)

・ 電話番号

・ E-mailアドレス

(5) 発表者の身分、研究会登録の有無について
(該当するものを残し、それ以外を消してください)
1. 社会人
2. 学生、SIGBIO登録会員
3. 学生、この発表申し込み後にSIGBIO会員登録予定
4. 学生、SIGBIO登録予定なし(SIGBIO学生奨励賞の対象外となります)
------ 申し込みフォームここまで ---------
なお、SIGBIO研究会登録は情報処理学会のホームページより行うことが
できます。また、情報処理学会会員でなくとも準登録会員として登録
することができます。詳しくは、学会のホームページ
(http://www.ipsj.or.jp/) より「入会する」を選んで詳細をご覧ください。
受理後,確認メールをご返信いたします.もし数日経過しても確認メール
が届かないようでしたら,お手数ですが,問合せ先までご連絡くださいとのこと。

*詳細は下記の研究会ホームページからご確認ください。
http://www.ipsj.or.jp/katsudou/sig/sighp/bio/index.html
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Frontiers of Computational Biology on Protein Structures

Frontiers of Computational Biology on Protein Structures

日程: 2008年12月2日 13:30~17:00

参加費: 無料

場所: お茶の水女子大学理学部3号館会議室
アクセス:丸ノ内線茗荷谷駅または有楽町線護国寺駅下車徒歩8分
http://www.ocha.ac.jp/access/index.html

------------------------

細胞中で生命活動を営んでいる分子は,遺伝子そのものではな
く,おもにタンパク質です.細胞がどのように機能しているの
かを知る上では,タンパク質の機能と進化を明らかにすること
が大切です.今回のシンポジウムでは,タンパク質の構造に関
する計算生物学研究を進めておられる4名の研究者を招待し,
同分野の最前線をお話しいただきます.計算生物学に限らず,
分子生物学などの関連分野で研究されている方々のご来場をお
待ちしております.

Proteins, not genes, play acting roles in the cells.
The mechanistic and evolutionary studies of the proteins
help understand how the function of each protein
contributes to the behavior of the cell. In this seminar,
we invited four researchers in computational biology on
protein structures and introduce the frontline of the field.
We welcome students and researchers in molecular biophysics,
molecular biology and related fields.

Program:

13:30- Opening

13:40- Kei Yura (Ochanomizu Univ.)
Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand
Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures

14:20- Osamu Miyashita (Univ. of Arizona)
Protein Conformational Dynamics in Crystal Lattice

Break

15:20- Olivier Lichtarge (Baylor College of Medicine)
Evolution : A Bridge Between Integrative Systems Biology and
Protein Design

16:00- Florence Tama (Univ. of Arizona)
Unveiling Conformational Changes of Biological Molecules
Using Multiscale Modeling and Multiresolution Experiments

16:40- Closing

主催:女性リーダー育成プログラム
「生命情報学を使いこなせる女性人材の育成」
共催:生命情報学教育研究センター


連絡先:生命情報学教育研究センター 由良 敬(センター長)
理学部1号館510, yura.kei@ocha.ac.jp

理研シンポジウム 「生体形状情報の数値化及びデータベース構築研究」

理研シンポジウム
「生体形状情報の数値化及びデータベース構築研究」

                  理化学研究所・中央研究所
               生体力学シミュレーション特別研究ユニット 
               ユニットリーダー 姫野龍太郎

理化学研究所では、2003年4月より生体形状情報の数値化及びデータベー
ス構築研究を開始いたしました。この研究プロジェクトでは、生物の形の情報を
数値化(ディジタル化)して比較検討可能なシステムを構築することを目的とし
ています。この研究により、生体情報の取得、数値化、蓄積を計り、サイエンス
の分野で用いられる標準データを作成することや、様々な生物の構造データを蓄
積してデータベースの構築を行う事を目指しています。このデータベースにより、
計算科学に資する生物の実形状や、従来から形状を対象に進められてきた解剖学
に新しい道を開くことができると考えています。また、広義のバイオインフォマ
ティクスに関する研究として、表現形と遺伝情報の関係についての新たな道筋を
開くことを視野に入れています。
本プロジェクトは、2008年3月に予定計画の5年間を終了いたしました。これまで
の研究成果をとりまとめ、プロジェクトの終了報告会を開催いたします。
 
 本研究は幅広い分野の手法を組み合わせて新しい分野を切り開こうと試みてお
りました。プロジェクトにて開発いたしました観察手法・成果は、幅広い分野に
活用いただけるものと確信しております。
生物学、工学、情報科学などの幅広い分野の研究者の皆さんにお集まり
いただき、ご意見を賜りたいと存じます。
 
************************************************************************
[会期] 2008年12月18日(水)
[場所]
独立行政法人理化学研究所(大河内ホール)
http://www.riken.jp/r-world/riken/campus/wako/bldg.html
[プログラム]    
詳細は、下記サイトに記載されています。  
http://www.comp-bio.riken.jp/keijyo/products/2008_files/2008_program.htm
[参加方法]
1 参加費:無料(懇親会は、3000円)
2 参加を希望される方は 下記の登録フォームをご利用の上、こちら
(dbss@riken.jp )へお送りください。一通のメールに複数(1人以上)でお申
し込みの場合は、代表者以外の方についてもそれぞれの登録フォームを記入して
お送り下さい。
なお、懇親会(8日) への出席の有無も合わせてご記入ください。

懇親会費有料←参加者の人員把握のため事前登録をお願いします



  [登録フォーム: 生体形状]
氏名:
所属:
部署:
住所:
電話番号:
Fax.番号:
電子メールアドレス:
懇親会: a.参加 b.不参加(どちらか一方を消してください)

[お問い合わせ]
シンポジウムに関するお問い合わせは、
独立行政法人理化学研究所生体シミュレーションチーム
(dbss@riken.jp)までとのこと。

バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008 ~新たな学問領域の創成に向けて~

理化学研究所が生命現象を対象に20012年に完成予鈴の世界最高速の計算機により明らかにする
チャレンジングなプロジェクトについてのシンポジュウムを開催するそうです。

なおプログラム、参加申込方法、ポスターセッションの詳細については、
決まり次第Webページにて案内があるとのことです。

バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
~新たな学問領域の創成に向けて~

 ライフサイエンス分野におけるスーパーコンピュータの利用は、これまで分子
のシミュレーションや血流、骨の解析など限られた領域にとどまっていました。
しかし、ライフサイエンス分野で我々の知識が増えるにしたがい、個々の現象を
統合的に理解し、シミュレーション結果に基づいて予測・実証するツールとして
利用することが期待されています。
 理化学研究所は、次世代スーパーコンピュータプロジェクトのグランドチャレ
ンジアプリケーション開発におけるライフサイエンス分野の研究開発拠点として
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」を担い、この新
しい学問領域"バイオスーパーコンピューティング"を提唱し、推進しています。
 本研究開発は、平成18年10月からスタートし3年目を迎えますが、今までの2年
間の研究の進捗状況を報告すると共に、ライフサイエンス分野に関係する多くの
方に集まっていただき、新たな学問領域としてのこの分野について幅広く意見交
換したいと考え、下記のとおりシンポジウムを開催いたします。



開催日時: 平成20 年12 月25 日(木) 10 時~17 時半(懇親会17 時半~19
時)
(予定) 26 日(金) 10 時~16 時半
場 所 : MY PLAZA ホール(東京都千代田区丸の内)
主 催 : 理化学研究所
URL : http://www.csrp.riken.jp/2008/sympo2008/
申込方法: 決まり次第、上記Webページにて案内します。
プログラム
12 月25 日(木)一日目
午前:10:00-10:15 開会挨拶・趣旨説明 大阪大学タンパク研究所 中村春木
10:15-11:00 基調講演 理化学研究所 和田 昭允
大国家プロジェクトの進め方
~世界を先導しなければならない~(仮題)
11:00-12:00 講演 理化学研究所 姫野龍太郎
スーパーコンピュータで変わる生命科学の世界
午後 12:00-15:00 ポスターセッション
15:00-16:00 招待講演 ATR 脳情報研究所 川人光男
16:00-17:00 生命科学分野でのスーパーコンピューティングへの期待I
(1)医療からの期待 東海大学医学部 後藤 信哉
(2)国家基幹技術と創薬 持田製薬(株)西島 和三
17:00-17:30 ポスターセッション表彰式
17:30-18:30 懇親会
12 月26 日(金)二日目
午前:10:00-10:20 理化学研究所 茅 幸二
理研が目指す次世代計算科学センター
10:20-15:45 生命体統合シミュレーション開発状況報告
10:20-10:30 司会 理化学研究所 姫野龍太郎
10:30-11:15 報告1.分子スケール研究開発チームから
11:15-12:00 報告2.細胞スケール研究開発チームから
午後:13:15-14:00 報告3.臓器全身スケール研究開発チームから
14:00-14:45 報告4.データ解析融合研究開発チームから
14:45-15:15 報告5.生命体ソフトウェア基盤開発・高度化チームから
15:15-15:45 報告6.脳神経系研究開発チームから
16:00-16:30 生命科学分野でのスーパーコンピューティングへの期待II
(3)遺伝学研究所 五條堀 孝
16:30-16:40 閉会挨拶 横浜市立大学 木寺詔紀

ゾウからバクテリアまで、「体重あたりのエネルギー消費量」は共通

WIRED JAPANより

新たな研究成果としてゾウからバクテリアまで、すべての生物が安静時の代謝で消費するエネルギー量は、生物の重量当たりで換算すると同程度になるといっている論文がある。

これはロシアにあるPetersburg Nuclear Physics InstituteのAnastassia Makarieva氏による研究で、ゾウからバクテリアまで、3000種に及ぶ動植物の(安静時)代謝率を比較したものである。

それによると、生物は種によって大きさや構造の複雑さにかなりの違いがあるが、エネルギーの消費量は、どの生物も1キログラム当たり3~90ワットになるという。

ミネソタ大学の生態学者Peter Reich氏は次のように話したという。
 「自然界に偶然というものはあまり存在しないため、多様な生物たちの消費エネルギーがこの狭い範囲に収まるということは、単なる偶然の一致ではない、とわれわれは解釈している。つまり、自然淘汰によって、この範囲に収められていると考えられる」と。

エネルギーを消費してエントロピー[の増大]を避けるのは、生物の基本的機能の1つだ。生物はその形態によって、使用するエネルギー源が異なる。植物は、光合成によって日光を化学エネルギーに変換する。植物や他の生物を食べることで、生命の維持に必要なエネルギーを得ている生物もいる。

今回の論文が主張しているのは、何をエネルギー源とするかにかかわらず、あらゆる生物は基本的な生化学に基づき、細胞のエネルギー消費量においてかなり似通った数値を示している、ということだ。

つまり、ゾウ1頭と同じ大きさのバクテリア群が存在すれば、その群は実際のゾウと同じ量のエネルギーを消費していることになり、その誤差は数字にしておおよそ1桁の範囲内だという。

この主張は、ニューメキシコ大学のJames Brown氏、アリゾナ大学のBrian Enquist氏、ロスアラモス国立研究所のGeoffrey West氏らが[1997年に]行なった、非常に影響力のある研究(PDF)を否定するものだ。3氏はこの研究で、動物の大きさと代謝の間に強い相関関係を見出した。それによると、小さな生物はエネルギーを効率よく消費するが、大きな生物はそうではなく、生物の体が大きくなるに従って、体の大きさに対するエネルギーの生成量は小さくなるという。

ニューメキシコ大学の生態学者チームは、この生物の大きさと代謝率の関係――アロメトリー(相対生長)式を用いたスケール則として知られる――は、体が大きくなるほど栄養素を全身に運ぶのが困難になることから生じた、生命の一般法則だと主張していた。

「人によって賛否の分かれる、非常に刺激的な理論だ。生物学における『一般相対性理論』とでもいうような……。すべての生命を、そして世界に対するわれわれの認識を1つにまとめる画期的な提案をしている点で、大きな前進を果たした理論だ」とReich氏は言う。

しかし、森林生態学を専門とするReich氏をはじめ、各分野の研究者がデータを検証し始めたところ、この法則はすべての生物には当てはまらないらしいことがわかった。

このモデルに従うと、生物の代謝量の差は何千倍にもなるが、Reich氏らは、生物の代謝量の差はそれよりはるかに小さいことを発見した。たとえば、ゾウと単細胞バクテリアの身体の大きさは10の18乗の差があるが、両者の代謝量の差はおおよそ1桁の範囲内にとどまる。

「アロメトリー式のスケール則が当てはまるならば、代謝量の差は4000倍にもなるはずだが、実際には30倍の差しかなかった。かの理論に近い数値ですらない」とReich氏は述べている。

『米国科学アカデミー紀要』(PNAS)に発表予定の新しい論文は、生物の基本的なエネルギー消費量は科学者たちが考えていたよりはるかに一様であることを示す、有力な証拠を提示している。

[本川達雄氏の著書『ゾウの時間 ネズミの時間―サイズの生物学』(中公新書)は、一生の間に心臓が打つ総数や、体重あたりの総エネルギー使用量は、生物のサイズによらず同じだと説明している]

米州政府の再生可能エネルギーの導入政策は近視眼的、米研究者

technobahnより
本ブログの記事:米エネルギー省と米農務省、バイオ燃料用の植物原料の研究に1000万ドル拠出へでもお伝えしたように、アメリカではバイオ燃料などの石油燃料の代替えエネルギーを政府が支援していますが、これについてある研究者が再生可能エネルギーの導入を進めても必ずしもCO2ガス抑制などの地球温暖化防止にはつながらないと反論したそうです。

 この発表を行ったのは米マサチューセッツ工科大学(MIT)のマイケル・ホーガン研究員。

 研究員によると、全米の各州で進められている再生可能エネルギーの導入は、"短期的"に数値目標を達成するために、太陽光発電、洋上風力発電、地熱発電といった技術的に発展途上のものよりも、より簡単な地上型風力発電施設の導入に向かう傾向が強い、とした上で風力発電の場合、発電が時刻や季節によって発電量に偏りが生じるため、風力発電だけの導入を行っても、火力発電所を置き換えることは困難であり、CO2削減の観点からは風力発電だけではなく、太陽光発電、洋上風力発電、地熱発電など、再生可能エネルギー全般に多様性を持たせた導入を計画するなどの長期的な視点が必要だと論じたそうです。

たしかにそうだと私もこの研究者の意見には賛成なので、政府はバラエティーに富んだ計画をした方がいいと思っています。

1,000人ゲノム解析プロジェクト

1,000人ゲノム解析プロジェクト

“1,000 Genomes Project”というものが現在進行形で行われています。
目的はクスリの効き方に個人差があったりするのは遺伝子の配列がわずかに異なる(ex,一塩基多型-SNP)ためにおこることがあるが、具体的にどこが違うとクスリの効果が変わるのかはほとんどわからない、そのために多数のヒトゲノム解析をおこない、多様性を明らかにしようというのが主な目的です。


今回のプロジェクトの主なスポンサーは、Wellcome Sanger Institute (英), Beijing Genomics Institute (中), National Human Genome Research Institute (NIH, 米)で、全米の大学機関、英・欧研究機関、中国研究機関が解析をおこないます。
残念ながら日本は入っていません。

【関連リンク】

NIH News International Consortium Announces the 1000 Genomes Project

1000 Genomes http://www.1000genomes.org/

タンパク3000プロジェクト http://mext-life.jp/protein/

脳細胞でコンピューター回路を作成することに成功

GIGAZINEよりです。
人間の脳を構成するニューロンですが、これらをいくつも組み合わせてコンピューター回路を作ることに成功したそうです。

ワイツマン科学研究所のエリシャ・モーゼズ氏とその研究生たちが成し遂げたもので、ワイヤーではなくニューロンを使用して、信頼できる回路を構築するニューロン成長パターンをコントロールする方法を開発したそうです。

この研究の出発点はセル反発力の材料で覆われたガラス板で、回路のパターンはこのコーティング内で構築され、セルにやさしい接着剤で覆われているとのこと。このプレート上ではセルは成長するための足場を構築することができないため、あらかじめ構築されたエリア内で成長するしかなくなるとのこと。こうやって描かれたパスを一方通行で成長するため、研究者達は2つの入力があったときに出力するだけのANDロジックゲートのように作用するデバイスを作ることができたそうです。

これがそのANDロジックゲートのように作用するデバイス
ANDロジックゲートのように作用するデバイス


これによって何が可能になるかというと、「脳細胞論理回路がコンピューターと神経系の間の仲介者を務めるかもしれない」としており、「人とマシンの間を接続する生体外のニューロンの中間層になる可能性がある」そうです。つまり、人間と機械とを接続し、ロボットの腕をコントロールすることなどができる可能性があります。

全ゲノム配列読み取りが15分で!

BioTodayより
全ゲノムを15分で解読しうる可能性を秘めたDNA配列決定法・SMRTというのが開発されているそうです。
成功すれば、現在の方法よりも3万倍も早くDNA配列を解読できるとのことです。

SMRTについて検索してみたのですが、それらしき情報はでてきませんでした。

追記:お茶ネコさんから以下のような情報をいただきました。
Pacific Biosciences社のSMRTのことでゲノムシークエンサーの弱点とする
Short Read、解析時間、必要サンプル量のすべてを凌駕するのが目標らしいで、現に1億ドルのグラントを獲得して、2010年発売予定と言っているため現実性も高いのでは?とのことでした。

ご紹介いただいた
Pacific Biosciences社のSMRTのサイトです。
http://www.pacificbiosciences.com/index.php

ちなみにプローモーションビデオがありましたのであわせて紹介させていただきます。http://www.pacificbiosciences.com/video_lg.html
Thanks! お茶ネコさん

Full-Toxoplasma -トキソプラズマ全長cDNA

Full-Toxoplasma
http://fullmal.hgc.jp/index_tg_ajax.html
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列(コンティグ)にマップされている。

Full-Malaria -マラリア原虫全長cDNA

Full-Malaria
http://fullmal.hgc.jp/index_ajax.html
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。(P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ)

国際生物学オリンピックが受験生に役立つ?-AO入試

国際生物学オリンピックがAO入試で役立つ大学

・早稲田大学
・慶應義塾大学
・筑波大学
・立命館大学
・首都大学東京
・東邦大学
・東京女子大学

それぞれ詳しくみていきましょう。

・早稲田大学
【名称】早稲田大学理工学術院基幹理工学部・創造理工学部・先進理工学部
特別選抜入学試験「生物学オリンピック入試」
【条件】国際生物学オリンピック日本代表選考会において、(過去に)第1次選考を通過した者。
【詳細URL】http://www.sci.waseda.ac.jp/admission/GUIDE/biology/
【学部】
創造理工学部の以下の学科
建築学科
社会環境工学科
環境資源工学科

先進理工学部の以下の学科
化学・生命化学科
応用化学科
生命医科学科
電気・情報生命工学科

・慶應義塾大学
【名称】C方式
【条件】国際生物学オリンピック国内大会 1次選考通過者
【学部】総合政策学部・環境情報学部
【優遇】1次選考免除、2次選考(面接)のみ。
【詳細URL】http://www.admissions.keio.ac.jp/exam/images/aosfcyoko09.pdf


・筑波大学
【名称】国際科学オリンピック特別選抜
【条件】過去3年間に国際生物学オリンピック日本代表として選抜されたもの、または国内選考の一次審査通過者
【学部】生物学類
【優遇】
【詳細URL】http://ac.iit.tsukuba.ac.jp/annai/pdf/bosyu/H21SO.pdf

・立命館大学
【名称】科学技術チャレンジ方式
【学部】生命科学部
    応用化学科
    生物工学科
    生命情報学科
    生命医科学科

・東邦大学
【名称】
【学部】理学部の以下の学科
生物学科 
生物分子科学科
生命圏環境科学科
【条件】国際生物学オリンピック第一次国内選抜試験の上位50%以上
【優遇】第一次選考(書類選考)を免除する
【詳細URL】http://www.sci.toho-u.ac.jp/info_exam/outline/ao1.html

・首都大学東京
【名称】科学オリンピック入試
【条件】「全国生物学コンテスト 生物チャレンジ」(または昨年度までの同等大会)で一次選考を通過した者
【優遇】出願条件のためなし。
【学部】都市教養学部 理工学系 生命科学コース
【選抜方法】「全国生物学コンテスト 生物チャレンジ」の結果を含む出願書類、面接及び口頭試問により総合的に判定。
【詳細URL】http://www.tmu.ac.jp/assets/files/83/H21_Olympic_R.pdf


・東京女子大学
【名称】
【学部】情報理学専攻
【条件】全国生物コンテスト「生物チャレンジ」の第一次試験で上位50%の者
【詳細URL】http://office.twcu.ac.jp/admission/exam/ao1.html
【優遇】第二次選考における小論文M免除

と紹介してきましたが、この情報は大学名は生物学オリンピック公式サイトに記載されているものを参考しに、条件など各種情報は各大学の2009年度入試概要を参考にしました。
そのため最新情報は各大学へ確認をとってください。

DaphniaBASE -ミジンコデータベース

daphniabase.jpgDaphniaBASE
http://daphnia.nibb.ac.jp/
ミジンコ類のクローン配列、及びそのクローン配列に対するblast検索の結果のデータベース

アサガオホームページ -アサガオの系統、交配、画像データベース

asago.jpgアサガオホームページ
http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/index.html
アサガオの突然変異系統(変化朝顔)についての系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログを収録しているデータベース。

Transcription Analysis of BY-2 -タバコ培養細胞BY-2株のEST

tab.jpgTranscription Analysis of BY-2
http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果(EST相互のBLASTN検索結果)が掲載されている。

MaizeGDB - トウモロコシゲノム/アノテーション

maizegdb.jpgMaizeGDB
http://www.maizegdb.org/
トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。

MiBASE -トマトEST

mibase.jpgMiBASE
http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html

トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述 cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。  15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。

抗メタボ効果をもつアスタキサンチン(エビ、サケの色素成分)

 現代の“メタボ対策”市場に着目し、ヤマハ発動機が抗メタボリック効果があると発表した「アスタキサンチン」 これはサケやエビに含まれる天然の色素成分である。
 これまでの研究で、アスタキサンチンは血圧やHDL値や血糖値、中性脂肪値を正常な範囲に調整することが確認されている。
 さらに今年6月22日~27日に開催された「第15回国際カロテノイドシンポジウム」では、アスタキサンチンにはHbA1c(ヘモグロビンA1c)とTNF-α(腫瘍壊死因子)を低下、アディポネクチンを増加させる作用があることを発表。
 エビデンスの充実とともに、メタボ予防の健康素材として期待が高まっている。

中国の研究者、ヒトiPS細胞作製効率を高めた

Biotechnology Japanより
 北京大学と中日友好病院の29人から成る研究グループの成果です。
    OCT4、SOX2、KLF4、c-MYC
の4つの因子を用いていたヒトiPS細胞について、17種の因子を調べたところc-MYCの代替因子が見つかり、新たな4因子の組み合わせで再現性よく高確率でiPS細胞を作成できるようになったとのこと。

組み合わせはOCT4、 SOX2、KLF4と、UTF1あるいはp53siRNA。

 詳細は、11月第2週に発行されるCell Stem Cell誌電子版に掲載されるとのこと。

独立行政法人 理化学研究所、 ヒトES細胞から層構造を持った大脳皮質組織の産生に成功

理化学研究所プレスリリースより
 独立行政法人理化学研究所(野依良治理事長)は、マウスおよびヒトES細胞から脳の高次機能をつかさどる大脳皮質組織を、生体に近い立体構造で産生し、特有の神経活動の一部を再現することに世界で初めて成功したそうです。
 発生・再生科学総合研究センター(竹市雅俊センター長)細胞分化・器官発生研究グループの笹井芳樹グループディレクター、永楽元次研究員を中心とした研究グループの成果です。

萌えろ!高校生物Ⅰ・Ⅱさんのnews◇ヒトES細胞から大脳皮質!でも早速取り上げられています。

PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression) ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現

pride.jpgPRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能。

IMGT, the international immunogenetics information system

imgt.jpgIMGT, the international immunogenetics information system
http://imgt.cines.fr/
免疫グロブリン, T細胞受容体, MHC,など免疫に関係する分子の統合データベース。

XDB -アフリカツメガエル遺伝子発現

XDB
http://xenopus.nibb.ac.jp/
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。

Pig EST Data Explorer (PEDE) -ブタ全長cDNA

pede.jpgPig EST Data Explorer (PEDE)
http://pede.dna.affrc.go.jp/
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないESTやcDNA配列があるかどうか不明。INSDにすでに登録されているのでは?

Pig genomics infromation system

Pig genomics infromation system
http://pig.genomics.org.cn/
中国とデンマークの共同ゲノムプロジェクトのポータル的なページ。
ゲノム配列とEST配列がプロジェクト由来データでゲノムアノテーション的なことをしてる。
配列データはすべてINSDにあるようです。

Rat Brain Sections: Super-fine images -ラットの脳の断面画像

ratbrain.jpgRat Brain Sections: Super-fine images
http://riodb.ibase.aist.go.jp/db055/
ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。 画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。

Rat Genome Database - ラットゲノム/アノテーション

rgd.jpgRat Genome Database
http://rgd.mcw.edu/

ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ(遺伝子、RH)、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統(株)、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。

Medaka EST database -メダカ遺伝子発現 データベース

est.jpg
Medaka EST database
http://medaka.lab.nig.ac.jp/est_index.html
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ(Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している メダカ遺伝子発現 データベース。

UT Genome Browser (Medaka)

UT Genome Browser (Medaka)
http://medaka.utgenome.org
クローン情報やアセンブリ状況を確認するためのプロジェクト支援環境

PubMedとは

PubMed
米国立医学図書館(NLM)傘下のNCBIにより開発されたEntrezの一部として提供されているMEDLINEを主体とした無料の医学文献情報データベース。MEDLINEに加え、索引前の記事、総合科学雑誌中のライフサイエンス記事などを追加して提供している。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/

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