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バイオインフォマティクスを本で学ぶ Archive

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プログラミングPerl〈VOLUME1〉 プログラミングPerl〈VOLUME2〉

プログラミングPerl〈VOLUME1〉
ラリー ウォール ジョン オーワント トム クリスチャンセン
オライリー・ジャパン
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おすすめ度の平均: 5.0
5 いまだに10行以上のプログラムが書けません。
4 値段は高いけど・・・
5 CGIを自在にこなす第一歩の書
5 Perl文法の仕組みを詳細に知りたい人の本
5 ラクダが踊る

プログラミングPerl〈VOLUME2〉
ラリー ウォール ジョン オーワント トム クリスチャンセン
オライリー・ジャパン
売り上げランキング: 70438
おすすめ度の平均: 5.0
5 いまだに10行以上のプログラムが書けません。
4 値段は高いけど・・・
5 CGIを自在にこなす第一歩の書
5 Perl文法の仕組みを詳細に知りたい人の本
5 ラクダが踊る

Perl生みの親のLarry Wallの手によるPerlの定番中の定番の本です。入門者には難しいと思いますが、何か調べるときには、これがないと始まりません。第3版からは上下分冊になりました。
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初めてのPerl 第3版 続・初めてのPerl 改訂版

初めてのPerl
初めてのPerl
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ランダル・L. シュワルツ トム フェニックス
オライリージャパン
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おすすめ度の平均: 4.5
5 素晴らしきPerlの世界への案内
5 読み物としても十分面白い
5 定番書
5 初心者も持っておきたい一冊
5 CGI言語としてのPerl

続・初めてのPerl 改訂版
Randal L. Schwartz brian d foy Tom Phoenix 吉川 英興 伊藤 直也 田中 慎司 株式会社ロングテール/長尾 高弘
オライリー・ジャパン
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おすすめ度の平均: 5.0
5 脱初心者へのステップとして


定番本「プログラミングPerl」の入門編にあたる本です。この本を1冊目のPerl本として勧める人も多いですが、残念ながら、手に取ったことがないのでノーコメント。と思ったら、SEさんが書評を書いてくれました。

Perl という言語の基礎と特徴を知るには間違いなく良書です。ただ、これからプログラミングを始めようという方には敷居が高いかもしれません。Perl のインストールと実行の仕方の具体的な説明がないことやサンプルスクリプトの出力結果が必ずしも明示されていないことがとっつきにくくしている原因のようです。それから、この本に限ったことではないですが、英語で分かりやすい言いまわしが日本語訳したときにも分かりやすいとは限らないという部分もあります。「Perl言語プログラミングレッスン 入門編」や 「1週間でマスターする Perl for Windows」などで基本をおさえたあとで読むと理解しやすく Perl の基本部分に関する知識が格段に深まると思います。複雑なことをしようとすると下に紹介されている「プログラミングPerl」に載っているリファレンスやモジュール、オブジェクトなどに関する記述を参考にする必要が出てきます。

すぐわかるPerl

すぐわかるPerl (Software Technology)
深沢 千尋
技術評論社
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おすすめ度の平均: 4.0
5 親子二代で愛読書です。
1 大変分かりずらい
5 最初の一歩
4 初めて読むPerlの本として最適
4 説明が丁寧なPerl入門の良書

通し読みをすることで、Perlの初歩が学べるおすすめの1冊。記述が明快で、話の流れの作り方が上手なので、非常に読みやすく短時間で読み終えられます。話の流れを大切にしているので、網羅性は低く、扱っていない関数や話題も多いですが、1冊目として選ぶのならこういう本の方がいいのでしょう。

テキスト処理の話が中心で、CGIの記述は1章だけです。Unixでの使用を前提にして書かれていますが、巻末にUNIXとともにWindows、MacでのPerlのインストールについて説明があります。また、所々に挿入されているコラムもなかなかおもしろいです。

1冊目のPerl本として万人にお勧めできます。

Perl言語プログラミングレッスン 入門編

新版Perl言語プログラミングレッスン入門編
結城浩
ソフトバンククリエイティブ
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おすすめ度の平均: 5.0
5 はじめてのPERL入門書
5 次はRuby言語プログラミングレッスン入門編ですね
5 LL言語の基礎を固める良書 特に正規表現の解説は秀逸


全くのプログラミング初心者にもわかるようなかみ砕いた説明で、Perlプログラミングを一から説明しています。練習問題も豊富で、実際にプログラムを書きながら本書をやり終えれば間違いなく、Perlの基礎が身に付きます。特に、正規表現には2章をさいて力を入れています。また、理解しにくいコンテキストについても1章をさいています。

この本はかゆいところにまで手が届いているので、ある意味、まどろっこしく感じる部分もあります。多少でもプログラミングの経験がある人には冗長に感じてしまうかも知れません。また、CGIに関する記述はありません。是非、応用編の登場をお願いしたいところです。

実践バイオインフォマティクスプログラミング

実践バイオインフォマティクス プログラミング
屋比久 友秀
秀和システム
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おすすめ度の平均: 5.0
5 意欲的なオープンバイオ本


本書は、バイオ産業を支えるバイオインフォマティクス(生物情報学)において、実践的な解を得るためのプログラミングに焦点を当て、Perl、Ruby、Java、Pythonによるオープンソースプロダクトを用いた種々の技法を、サンプルプログラムとともに基礎から解説します。また、唯一ともいえる各言語用のモジュールのリファレンスも掲載します。書籍中に出てくるサンプルプログラムとサンプルデータをダウンロードすることができます。

バイオ研究が10倍はかどるMac OS X活用マニュアル

バイオ研究が10倍はかどるMacOS X活用マニュアル―セットアップから超簡単データ解析まで
中村 保一 荻島 創一 礒合 敦
羊土社
売り上げランキング: 283579
おすすめ度の平均: 5.0
5 最も簡単に始められるUNIX
5 日本発のMacOSX用バイオインフォマティクス本


タイトルからすると、バイオ研究一般におけるMac OS Xの活用とも受け取れますが、中身は「Mac OS XのUNIX部分のバイオインフォマティクス研究への活用」といった趣の本です。Mac OS Xを使って、Bioinfomaticsを行おうという人には格好の入門書です。

ゲノム情報はこう活かせ!

ゲノム情報はこう活かせ!―比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する方法がわかる
岡崎 康司 坊農 秀雅
羊土社
売り上げランキング: 200713
おすすめ度の平均: 5.0
5 小手先の方策でなく、目的や戦略が重要

ゲノム情報をさまざまに活用して遺伝子機能解析や疾患研究を行う方法について解説した,今までありそうでなかった1冊!

バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法



手足本と呼ばれています。NCBI-BLAST、CLUSTALW、Pfam 、SOSUI 、ExPASy Proteomics tools などのバイオインフォマティクスに必要不可欠なウェブツールの紹介と使い方の解説本です。実験屋で、これらのツールを使う人には必携の1冊かと思います。解説もわかりやすいです。

できるバイオインフォマティクス

できるバイオインフォマティクス
広川 貴次 美宅 成樹
中山書店
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おすすめ度の平均: 4.5
5 解説が丁寧
5 とにかく使えるバイオインフォマティックス
4 実験系の研究者にもお勧め!

練習問題を提示しながらKEGG、BLAST、Clustal W、PDB、InterPro、PubMedなどの著名なBioinfomaticsサイトの使い方を解説した本です。図を多用し、まさしく手取り足取りで進めていきます。手っ取り早くこれらのデータベースの使い方を知りたいという人にはうってつけの本です。コンピュータ書籍の入門書で有名なインプレス社の「できる~」シリーズと同じようなポジションなのでしょう。

バイオインフォマティクスがわかる

バイオインフォマティクスがわかる (わかる実験医学シリーズ)

羊土社
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おすすめ度の平均: 1.0
1 情報系には理解困難
1 情報系の人間には理解困難

10人あまりの専門家がバイオインフォマティクスのトピックについてレビューするというオムニバス形式の本。分量が少ない上に幅広いトピックを扱っているので物足りなく思う方もいるかもしれません。

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Methods of Biochemical Analysis, V. 43)

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Methods of Biochemical Analysis, V. 43)
B. F. Francis Ouellette Andreas D. Baxevanis
Wiley-Interscience
売り上げランキング: 394567

10人あまりの著者が専門分野について書くというスタイルの本です。

Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids

Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids
Richard Durbin Sean R. Eddy Anders Krogh Graeme Mitchison
Cambridge Univ Pr (Txp)
売り上げランキング: 1452677
おすすめ度の平均: 4.0
5 情報の立場からは最適
3 他に参考書がないので仕方がないが

配列解析手法をより深く知りたいのであれば、この本がおすすめです。特に、隠れマルコフモデルについては非常に詳しいです。

バイオインフォマティクス基礎講義―一歩進んだ発想をみがくために

バイオインフォマティクス基礎講義―一歩進んだ発想をみがくために
アーサー・M. レスク
メディカルサイエンスインターナショナル
売り上げランキング: 492690

一つ前の記事のバイオインフォマティクスの定番教科書Mountの「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ」の第2弾として日本語訳が企画された書籍。配列解析のためのプログラミングに多くのページを割いているとともに、著者の専門である蛋白質高次構造についても詳しいです。多くの練習問題もあり、Mountの本を終えた人に勧められる1冊です。

バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版

Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis
David W. Mount
Cold Spring Harbor Laboratory Pr
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おすすめ度の平均: 5.0
5 本格的なバイオインフォマティクスの教科書


上記の日本語訳
バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版
岡崎 康司 坊農 秀雅
メディカル・サイエンス・インターナショナル
売り上げランキング: 376494
おすすめ度の平均: 4.5
5 日本語で書かれたバイオインフォマティクス唯一の教科書
4 基本が学べます

Bioinfomaticsの教科書としてイチオシです。一人の著者がすべて書いているというのもあって、非常に読みやすいです。図もたくさんはいっていて、その図も素晴らしい出来です。幅広い話題を、適度に深入りしながら解説しています。2002年5月に日本語訳も出ています。2005年12月に改訂版が出ました。改訂にあたり全面刷新。各章冒頭にバイオ系のためのガイド、コンピュータ系のためのガイド、サマリー、キーワード解説、章末に問題集を追加した。

生物と無生物のあいだ (講談社現代新書 1891)

生物と無生物のあいだ (講談社現代新書 1891)
福岡 伸一
講談社
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おすすめ度の平均: 4.0
3 行間に横たわる無数の苦痛と死
4 研究と生命の動的平衡の概念と
2 よく分からない
5 生物とは・・・
5 生命への見方が変わる本

現代遺伝学/分子生物学の礎となった研究を行った”縁の下の力持ち”(= an unsung hero)たちの正当な評価と、分子生物学のその短い歴史を一般の人にもわかりやすい形で展開。同時に研究者と呼ばれる人種のより現実的な生態をよく著しています。生命とは何かという根源的な問いに関心のあるすべての人に薦めたい。777円で知的な興奮が味わえますヨ。

統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析-Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング-〔CD-ROM付〕

統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析-Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング-〔CD-ROM付〕
樋口 千洋 石井 一夫
共立出版
売り上げランキング: 195712
おすすめ度の平均: 5.0
5 ゲノム時代に待望のR解説書
5 RとBioconductorによるバイオインフォマティクスデータ解析

初学者あるいは情報を専門としない方にとっては、上記の「RとBioconductorによるバイオインフォマティクス」よりもとっつきやすいかもしれません。分量も適度で、サッとデータ解析のいろいろな例を概観したり、データを視覚化したいときに参考になります。

Essential細胞生物学 原書第2版

Essential細胞生物学 原書第2版
Bruce Alberts Dennis Bray Karen Hopkin Alexander Johnson Julian Lewis Martin Raff Keith Roberts Peter Walter
南江堂
売り上げランキング: 14859
おすすめ度の平均: 5.0
4 章末問題などの問題は使える
5 これほどわかりやすい細胞生物学の本はないのでは
5 大学教養レベルが面白いほどわかる本
5 大学受験用ならば先ずは簡単な本を攻略すべき
5 良書

バイオインフォマティクスのための書籍ではないですし、最新の研究内容は原著論文を読むべきですが、専門外の人間が体系的に細胞生物学を学ぶのに必要十分な内容だと思います。生物学の専門家と意志の疎通をはかるためにも必読でしょう。

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス
R.ジェントルマン
シュプリンガー・ジャパン株式会社
売り上げランキング: 256208
おすすめ度の平均: 5.0
5 Rというよりは、Bioconductorの解説書

Bioinformatics And Computational Biology Solutions Using R And Bioconductorの日本語訳。原著はBioconductorの開発者らの執筆による。大量のサンプルコードがうれしい。

わかりやすいパターン認識

わかりやすいパターン認識
石井 健一郎 前田 英作 上田 修功 村瀬 洋
オーム社
売り上げランキング: 16234
おすすめ度の平均: 4.5
5 パターン認識の考え方が解る本
4 概念が掴みやすくわかりやすい
5 テキストとして申し分なし
3 初心者にはまだむついかしい側面も
5 統計学的構造がわかる入門書

ゲノムまわりのデータ解析でも多用される学習・ニューラルネットといったパターン認識全般について、うまくまとめている。これに演習問題があったら最高だとおもう。

ゲノム情報を読む (ネオ生物学シリーズ―2)

ゲノム情報を読む (ネオ生物学シリーズ―2)
吉川 寛
共立出版
売り上げランキング: 582641

隠れた名著だと思う。ゲノム解読されたモデル生物が数えるほどであった頃に刊行された書籍だが、再評価されるべき本。

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