Home > バイオインフォマティクスデータベース紹介

バイオインフォマティクスデータベース紹介 Archive

スポンサーサイト

上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
新しい記事を書く事で広告が消せます。
  • Comments (Close): -
  • TrackBack (Close): -

Full-Toxoplasma -トキソプラズマ全長cDNA

Full-Toxoplasma
http://fullmal.hgc.jp/index_tg_ajax.html
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列(コンティグ)にマップされている。
スポンサーサイト

Full-Malaria -マラリア原虫全長cDNA

Full-Malaria
http://fullmal.hgc.jp/index_ajax.html
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。(P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ)

DaphniaBASE -ミジンコデータベース

daphniabase.jpgDaphniaBASE
http://daphnia.nibb.ac.jp/
ミジンコ類のクローン配列、及びそのクローン配列に対するblast検索の結果のデータベース

アサガオホームページ -アサガオの系統、交配、画像データベース

asago.jpgアサガオホームページ
http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/index.html
アサガオの突然変異系統(変化朝顔)についての系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログを収録しているデータベース。

Transcription Analysis of BY-2 -タバコ培養細胞BY-2株のEST

tab.jpgTranscription Analysis of BY-2
http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果(EST相互のBLASTN検索結果)が掲載されている。

MaizeGDB - トウモロコシゲノム/アノテーション

maizegdb.jpgMaizeGDB
http://www.maizegdb.org/
トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。

MiBASE -トマトEST

mibase.jpgMiBASE
http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html

トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述 cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。  15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。

PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression) ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現

pride.jpgPRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能。

IMGT, the international immunogenetics information system

imgt.jpgIMGT, the international immunogenetics information system
http://imgt.cines.fr/
免疫グロブリン, T細胞受容体, MHC,など免疫に関係する分子の統合データベース。

XDB -アフリカツメガエル遺伝子発現

XDB
http://xenopus.nibb.ac.jp/
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。

Pig EST Data Explorer (PEDE) -ブタ全長cDNA

pede.jpgPig EST Data Explorer (PEDE)
http://pede.dna.affrc.go.jp/
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないESTやcDNA配列があるかどうか不明。INSDにすでに登録されているのでは?

Pig genomics infromation system

Pig genomics infromation system
http://pig.genomics.org.cn/
中国とデンマークの共同ゲノムプロジェクトのポータル的なページ。
ゲノム配列とEST配列がプロジェクト由来データでゲノムアノテーション的なことをしてる。
配列データはすべてINSDにあるようです。

Rat Brain Sections: Super-fine images -ラットの脳の断面画像

ratbrain.jpgRat Brain Sections: Super-fine images
http://riodb.ibase.aist.go.jp/db055/
ラットの脳の横断面切片、前後方向断面の画像が掲載されている。 画像表示にはViewpoint Media Playerが必要で、マウス操作によるスクロール、拡大縮小が可能である。

Rat Genome Database - ラットゲノム/アノテーション

rgd.jpgRat Genome Database
http://rgd.mcw.edu/

ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ(遺伝子、RH)、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統(株)、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。

Medaka EST database -メダカ遺伝子発現 データベース

est.jpg
Medaka EST database
http://medaka.lab.nig.ac.jp/est_index.html
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ(Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している メダカ遺伝子発現 データベース。

UT Genome Browser (Medaka)

UT Genome Browser (Medaka)
http://medaka.utgenome.org
クローン情報やアセンブリ状況を確認するためのプロジェクト支援環境

UniProtKB (EBI, PIR, SIB) -アミノ酸配列データベース

UniProtKB (EBI, PIR, SIB)
Universal Protein Resouceの略称。蛋白質アミノ酸配列データベースであるSwiss-Prot、TrEMBL、PIRを統合しアミノ酸配列と機能の中心データベース。
http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

KEGG -代謝経路データベース

KEGG
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesの略称。ゲノムの情報から生命システムの働きと有用性を解読する生命システム情報統合データベース。いくつかのデータベースから構成されているが代謝経路を中心としたPathwayデータベースが有名。
http://www.genome.jp/kegg/

INSDC -塩基配列データベース

INSDC
国際塩基配列データベース(the International DNA Data Banks)。国立遺伝学研究所が運営するDDBJと欧州EBIが運営するEMBLと米国NCBIが運営するGenBankとのデータ交換により構築されているDDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データバンク。
http://www.insdc.org/page.php?page=home

GEO -遺伝子発現データベース

GEO
Gene Expression Omnibusの略称。米国NCBIが運営している遺伝子発現データのバンク。マイクロアレイデータ/molecular abundanceの登録データベース。ゲノムタイリングアレイによるゲノム変化の比較データなども増えつつある。

Home > バイオインフォマティクスデータベース紹介

最新記事はRSSで
コメント
最新トラックバック
リンク
ブログで苗木 グリムス
blog parts

track feed

Powered by SEO Stats

ページランク

個人サイト検索 あったかNAVI

この日記のはてなブックマーク数

フィードメーター - バイオ やばいぉ・・・

tracker あわせて読みたいブログパーツ

Page Top

上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。