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バイオインフォマティクス用語集 Archive
カテゴリ： バイオインフォマティクス用語集 の記事一覧
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1,000人ゲノム解析プロジェクト
- 2008-11-23 (Sun)
- バイオインフォマティクス用語集
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1,000人ゲノム解析プロジェクト
“1,000 Genomes Project”というものが現在進行形で行われています。
目的はクスリの効き方に個人差があったりするのは遺伝子の配列がわずかに異なる(ex,一塩基多型-SNP)ためにおこることがあるが、具体的にどこが違うとクスリの効果が変わるのかはほとんどわからない、そのために多数のヒトゲノム解析をおこない、多様性を明らかにしようというのが主な目的です。
今回のプロジェクトの主なスポンサーは、Wellcome Sanger Institute (英), Beijing Genomics Institute (中), National Human Genome Research Institute (NIH, 米)で、全米の大学機関、英・欧研究機関、中国研究機関が解析をおこないます。
残念ながら日本は入っていません。
【関連リンク】
NIH News International Consortium Announces the 1000 Genomes Project
1000 Genomes http://www.1000genomes.org/
タンパク3000プロジェクト http://mext-life.jp/protein/
“1,000 Genomes Project”というものが現在進行形で行われています。
目的はクスリの効き方に個人差があったりするのは遺伝子の配列がわずかに異なる(ex,一塩基多型-SNP)ためにおこることがあるが、具体的にどこが違うとクスリの効果が変わるのかはほとんどわからない、そのために多数のヒトゲノム解析をおこない、多様性を明らかにしようというのが主な目的です。
今回のプロジェクトの主なスポンサーは、Wellcome Sanger Institute (英), Beijing Genomics Institute (中), National Human Genome Research Institute (NIH, 米)で、全米の大学機関、英・欧研究機関、中国研究機関が解析をおこないます。
残念ながら日本は入っていません。
【関連リンク】
NIH News International Consortium Announces the 1000 Genomes Project
1000 Genomes http://www.1000genomes.org/
タンパク3000プロジェクト http://mext-life.jp/protein/
PubMedとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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PubMed
米国立医学図書館(NLM)傘下のNCBIにより開発されたEntrezの一部として提供されているMEDLINEを主体とした無料の医学文献情報データベース。MEDLINEに加え、索引前の記事、総合科学雑誌中のライフサイエンス記事などを追加して提供している。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
米国立医学図書館(NLM)傘下のNCBIにより開発されたEntrezの一部として提供されているMEDLINEを主体とした無料の医学文献情報データベース。MEDLINEに加え、索引前の記事、総合科学雑誌中のライフサイエンス記事などを追加して提供している。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
RefSeqとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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RefSeq
Reference Sequence(RefSeq)は、主要な生物のゲノムDNA,転写物RNA,蛋白質を含む配列データを完全で、統合された、重複のないセットとしてNCBIから提供されている配列データ。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
Reference Sequence(RefSeq)は、主要な生物のゲノムDNA,転写物RNA,蛋白質を含む配列データを完全で、統合された、重複のないセットとしてNCBIから提供されている配列データ。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
RT-PCRとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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RT-PCR
RNAを鋳型に逆転写酵素(RT:reverse transcriptase)でDNAを合成し、PCR(Polymerase Chain Reaction)を行うこと。DNA分子が何十万倍にも増幅する。
RNAを鋳型に逆転写酵素(RT:reverse transcriptase)でDNAを合成し、PCR(Polymerase Chain Reaction)を行うこと。DNA分子が何十万倍にも増幅する。
SAGE-NCBIとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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SAGE-NCBI
Serial Analysis of Gene Expression tag to Gene Mappingの略称。SAGE法による発現解析データベース。発現された遺伝子に対応する短い配列のタグを単離し分析する。細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを迅速に定量定性分析できる手法と言われていた。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/
Serial Analysis of Gene Expression tag to Gene Mappingの略称。SAGE法による発現解析データベース。発現された遺伝子に対応する短い配列のタグを単離し分析する。細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを迅速に定量定性分析できる手法と言われていた。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/
Protein Arrayとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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Protein Array
ガラス基板上に多数の蛋白質を固定したアレイ。蛋白質−蛋白質相互作用を測定するなどに利用されている。
ガラス基板上に多数の蛋白質を固定したアレイ。蛋白質−蛋白質相互作用を測定するなどに利用されている。
PMLとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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PML
Polymorphism Markup Languageの略称。SNP(一塩基多型)データ取扱に関する標準化を目指したXMLベースの言語形式。
Polymorphism Markup Languageの略称。SNP(一塩基多型)データ取扱に関する標準化を目指したXMLベースの言語形式。
PDBJとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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PDBJ
Protein Data Bank Japanの略称。大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質構造データバンク(PDBj)。内容は蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造。PDBj は、米国・構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)−高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っています。三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意しています。
http://www.pdbj.org/index_j.html
Protein Data Bank Japanの略称。大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質構造データバンク(PDBj)。内容は蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造。PDBj は、米国・構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)−高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っています。三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意しています。
http://www.pdbj.org/index_j.html
Tiling Arrayとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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Tiling Array
タイリングアレイ。広範囲なゲノム配列を調べられるようにゲノム全領域に亘る特異性が高い25-60塩基のオリゴヌクレオチドを設計し、それを固定したアレイ。
タイリングアレイ。広範囲なゲノム配列を調べられるようにゲノム全領域に亘る特異性が高い25-60塩基のオリゴヌクレオチドを設計し、それを固定したアレイ。
Voxel モデルとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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Voxel モデル
3次元の構造物の情報を細かい立方体の集まりの情報の集合として形作ったモデル。Voxel とは画像における画素(pixel)に対応する概念。
3次元の構造物の情報を細かい立方体の集まりの情報の集合として形作ったモデル。Voxel とは画像における画素(pixel)に対応する概念。
wwPDBとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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wwPDB
Worldwide Protein Data Bankの略称。
日本は大阪大学蛋白質研究所が、米国は構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州は欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)−高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っている。
2003年7月1日に三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意している。2006年から米国のBMRB (BioMagResBank)が参加している。
関連リンク
http://www.wwpdb.org/
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/index.html
Worldwide Protein Data Bankの略称。
日本は大阪大学蛋白質研究所が、米国は構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州は欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)−高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っている。
2003年7月1日に三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意している。2006年から米国のBMRB (BioMagResBank)が参加している。
関連リンク
http://www.wwpdb.org/
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/index.html
遺伝子発現プロファイルとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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遺伝子発現プロファイル
生体内での遺伝子の活動量。DNAチップやアレイにより容易にデータ収集できるようになった。
生体内での遺伝子の活動量。DNAチップやアレイにより容易にデータ収集できるようになった。
# ウェットとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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ウェット
ここでは、ライフサイエンス研究の中で試料や検体(生物材料)を使用して行う研究をコンピュータのみを利用して研究する「ドライ」研究と対比させていた場合の総称。
ここでは、ライフサイエンス研究の中で試料や検体(生物材料)を使用して行う研究をコンピュータのみを利用して研究する「ドライ」研究と対比させていた場合の総称。
オントロジーとは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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オントロジー
哲学用語では存在論のことだが、科学では人工知能やデータベース等の情報処理において、概念や語彙等を体系化し推論機構として利用することをいう。
哲学用語では存在論のことだが、科学では人工知能やデータベース等の情報処理において、概念や語彙等を体系化し推論機構として利用することをいう。
技術振興機構とは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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科学技術連携施策群とは
- 2008-11-08 (Sat)
- バイオインフォマティクス用語集
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科学技術連携施策群
平成16年7月に総合科学技術会議において、各府省の縦割り施策に横串を通す観点から、国家的・社会的に重要であって関係府省の連携の下に推進すべきテーマを定め、関連施策等の不必要な重複を排除し連携を強化して積極的に推進することが決定された。このため、平成17年度以降科学技術振興調整費のプログラムとして「科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進」が実施されている。
参考リンク：http://www.jst.go.jp/renkei/
平成16年7月に総合科学技術会議において、各府省の縦割り施策に横串を通す観点から、国家的・社会的に重要であって関係府省の連携の下に推進すべきテーマを定め、関連施策等の不必要な重複を排除し連携を強化して積極的に推進することが決定された。このため、平成17年度以降科学技術振興調整費のプログラムとして「科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進」が実施されている。
参考リンク：http://www.jst.go.jp/renkei/
科研費の機関コード
- 2008-11-07 (Fri)
- バイオインフォマティクス用語集
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キュレーターとは
- 2008-11-07 (Fri)
- バイオインフォマティクス用語集
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キュレーター
DB統合や維持管理のために必要な人材としてのキュレーターは論文の内容を理解して情報抽出整理し定型化した表現に変換してDB構築を支援する学芸員と定義している。
DB統合や維持管理のために必要な人材としてのキュレーターは論文の内容を理解して情報抽出整理し定型化した表現に変換してDB構築を支援する学芸員と定義している。
ジェノタイピングとは
- 2008-11-07 (Fri)
- バイオインフォマティクス用語集
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ジェノタイピング
SNP(一塩基多型)の遺伝子型(genotype)は、通常2種類でAあるいはBとすると、1個体に染色体は2対存在し、それぞれAA、BBのホモの場合とABのヘテロの場合がある。これらを決定すること。
SNP(一塩基多型)の遺伝子型(genotype)は、通常2種類でAあるいはBとすると、1個体に染色体は2対存在し、それぞれAA、BBのホモの場合とABのヘテロの場合がある。これらを決定すること。
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HageOyajiさんのブログは、数少ない高校生向けメディアとして毎回閲覧させていただいております。
私の出来ることにっしープロフィール にっしー君
HageOyaji通信へコメント、ありがとう。
君の活動を大変評価する一人です。是非、他の高校生にも輪を広げたいですね。
早速、7/22の次回分で、
HageOyaji【英語の勉強】英英辞典と英和辞典のコラボで英単語を覚える！>longmanさん
はじめまして。コメントありがとうございます。
>初めて英英を使う人にとっては最高の組み合わせですね。
そうですね。ロングマン英英辞典のdyna【英語の勉強】英英辞典と英和辞典のコラボで英単語を覚える！こんにちは、ちょっと共感したので。
初めて英英を使う人にとっては最高の組み合わせですね。
どうせなら完全にロングマン英英の補助版として作っても良いのではと思うlongman【英語の勉強】The Last Lecture>未来の選択さん
記事の内容への言及が無いなど記事との関連性が低いと判断できたため、コメントを削除させていただきました。dyna【英語の勉強】The Last Lecture>tottyさん
お役に立てて何よりです＾＾dyna【英語の勉強】The Last Lectureこの動画、感動しますよね！！
youtube動画へのリンクが役立ちました。ありがとうございます。totty近況報告 プロフェッショナル高校生>通りすがりさん
応援ありがとうございます＾＾
野望としては日本をよくしようってことですが、まだ軌道にも乗ってないのでそんなすごいことでもないです＞＜
よかっdyna近況報告 プロフェッショナル高校生ついに、日本全体に貢献しようというんですね。
同じ高校生としてすごいなと思います。がんばってね＾＾通りすがり下流社会 新たな階層集団の出現ごぶさたです。
この本，最初に見たときは，下流の人たちの傾向として，音楽などけっこう個人の趣味を楽しんでたりするんですよね。
それはそれでこれからの時代，いいこドージマ