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UCSC GenomeBrowser for Functional RNA 機能性RNAのUCSC GenomeBrowser表示DB

UCSC GenomeBrowser for Functional RNA
http://www.ncrna.org/glocal/cgi-bin/hgGateway
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果の中で、UCSC GenomeBrowser上に機能性RNAを表示するデータベース
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Yeast snoRNA Database -出芽酵母snoRNA

Yeast snoRNA Database
http://www.bio.umass.edu/biochem/rna-sequence/Yeast_snoRNA_Database/snoRNA_DataBase.html
出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。

fRNAdb -機能性RNAの配列・文献情報データベース

fRNAdbfRNAdb
http://www.ncrna.org/frnadb/
経済産業省「機能性RNAプロジェクト」で得られた成果のデータベースの一つ。既知、及び新規機能性RNAの配列情報や文献情報のデータベース

The tmRNA website

The tmRNA website
http://www.indiana.edu/~tmrna/
tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造(配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け)、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。 

snoOPY -snoRNA

snoopysnoOPY
http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
2008年10月現在、以下10種の生物のsnoRNA(核小体低分子RNA)が収録されています。
Homo sapiens(ヒト) 165 genes
Mus musculus(ハツカネズミ) 78 genes
Rattus norvegicus(ドブネズミ) 7 genes
Cricetulus griseus(チャイニーズハムスター) 4 genes
Gallus gallus(ニワトリ) 13 genes
Xenopus tropicalis(ニシツメガエル) 42 genes
Fugu rubripes(トラフグ) 4 genes
Ciona intestinalis(カタユウレイボヤ) 8 genes
Caenorhabditis elegans(シー・エレガンス) 21 genes
Drosophila melanogaster(キイロショウジョウバエ) 15 genes

Ribosomal Database Project(RDP)-rRNA配列

rbp
Ribosomal Database Project(RDP)
http://rdp.cme.msu.edu/
既知のrRNA配列をGenBankより収集したデータベース。 同時に提供されているアラインメントは配列と2次構造の両方を考慮する独自のアルゴリズムで構築されている。 生物種分類の階層をベースにエントリを整理したブラウザあり。

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