Home > バイオインフォマティクスとは?

バイオインフォマティクスとは? Archive

スポンサーサイト

上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
新しい記事を書く事で広告が消せます。
  • Comments (Close): -
  • TrackBack (Close): -

1,000人ゲノム解析プロジェクト

1,000人ゲノム解析プロジェクト

“1,000 Genomes Project”というものが現在進行形で行われています。
目的はクスリの効き方に個人差があったりするのは遺伝子の配列がわずかに異なる(ex,一塩基多型-SNP)ためにおこることがあるが、具体的にどこが違うとクスリの効果が変わるのかはほとんどわからない、そのために多数のヒトゲノム解析をおこない、多様性を明らかにしようというのが主な目的です。


今回のプロジェクトの主なスポンサーは、Wellcome Sanger Institute (英), Beijing Genomics Institute (中), National Human Genome Research Institute (NIH, 米)で、全米の大学機関、英・欧研究機関、中国研究機関が解析をおこないます。
残念ながら日本は入っていません。

【関連リンク】

NIH News International Consortium Announces the 1000 Genomes Project

1000 Genomes http://www.1000genomes.org/

タンパク3000プロジェクト http://mext-life.jp/protein/
スポンサーサイト

PubMedとは

PubMed
米国立医学図書館(NLM)傘下のNCBIにより開発されたEntrezの一部として提供されているMEDLINEを主体とした無料の医学文献情報データベース。MEDLINEに加え、索引前の記事、総合科学雑誌中のライフサイエンス記事などを追加して提供している。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/

RefSeqとは

RefSeq
Reference Sequence(RefSeq)は、主要な生物のゲノムDNA,転写物RNA,蛋白質を含む配列データを完全で、統合された、重複のないセットとしてNCBIから提供されている配列データ。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/

RT-PCRとは

RT-PCR
RNAを鋳型に逆転写酵素(RT:reverse transcriptase)でDNAを合成し、PCR(Polymerase Chain Reaction)を行うこと。DNA分子が何十万倍にも増幅する。

SAGE-NCBIとは

SAGE-NCBI
Serial Analysis of Gene Expression tag to Gene Mappingの略称。SAGE法による発現解析データベース。発現された遺伝子に対応する短い配列のタグを単離し分析する。細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを迅速に定量定性分析できる手法と言われていた。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/

Protein Arrayとは

Protein Array
ガラス基板上に多数の蛋白質を固定したアレイ。蛋白質-蛋白質相互作用を測定するなどに利用されている。

PMLとは

PML
Polymorphism Markup Languageの略称。SNP(一塩基多型)データ取扱に関する標準化を目指したXMLベースの言語形式。

PDBJとは

PDBJ
Protein Data Bank Japanの略称。大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質構造データバンク(PDBj)。内容は蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造。PDBj は、米国・構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)-高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っています。三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意しています。
http://www.pdbj.org/index_j.html

Tiling Arrayとは

Tiling Array
タイリングアレイ。広範囲なゲノム配列を調べられるようにゲノム全領域に亘る特異性が高い25-60塩基のオリゴヌクレオチドを設計し、それを固定したアレイ。

Voxel モデルとは

Voxel モデル
3次元の構造物の情報を細かい立方体の集まりの情報の集合として形作ったモデル。Voxel とは画像における画素(pixel)に対応する概念。

wwPDBとは

wwPDB
Worldwide Protein Data Bankの略称。
 日本は大阪大学蛋白質研究所が、米国は構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、欧州は欧州分子生物学研究所(EMBL)の欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)-高分子構造データベース(MSD-EBI)とwwPDBを設立して、データベースの運営を行っている。
 2003年7月1日に三極の機関では、データの登録・処理・提供の責任を共有することを合意している。2006年から米国のBMRB (BioMagResBank)が参加している。

関連リンク
http://www.wwpdb.org/
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/index.html

遺伝子発現プロファイルとは

遺伝子発現プロファイル
生体内での遺伝子の活動量。DNAチップやアレイにより容易にデータ収集できるようになった。

# ウェットとは

ウェット
ここでは、ライフサイエンス研究の中で試料や検体(生物材料)を使用して行う研究をコンピュータのみを利用して研究する「ドライ」研究と対比させていた場合の総称。

オントロジーとは

オントロジー
哲学用語では存在論のことだが、科学では人工知能やデータベース等の情報処理において、概念や語彙等を体系化し推論機構として利用することをいう。

技術振興機構とは

科学技術振興機構
文部科学省傘下の独立行政法人。前身の法人は50年来の我が国の科学技術情報流通機関であり、研究開発資金の配布機関である。
http://www.jst.go.jp/

科学技術連携施策群とは

科学技術連携施策群
平成16年7月に総合科学技術会議において、各府省の縦割り施策に横串を通す観点から、国家的・社会的に重要であって関係府省の連携の下に推進すべきテーマを定め、関連施策等の不必要な重複を排除し連携を強化して積極的に推進することが決定された。このため、平成17年度以降科学技術振興調整費のプログラムとして「科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進」が実施されている。

参考リンク:http://www.jst.go.jp/renkei/

科研費の機関コード

科研費の機関コード
科学研究費補助金にかかる機関番号。別に国際交流事業への申請時の所属機関のコードもある。
関連リンク:
機関番号一覧リスト
国際事業編機関コードリスト 

キュレーターとは

キュレーター
DB統合や維持管理のために必要な人材としてのキュレーターは論文の内容を理解して情報抽出整理し定型化した表現に変換してDB構築を支援する学芸員と定義している。

ジェノタイピングとは

ジェノタイピング
SNP(一塩基多型)の遺伝子型(genotype)は、通常2種類でAあるいはBとすると、1個体に染色体は2対存在し、それぞれAA、BBのホモの場合とABのヘテロの場合がある。これらを決定すること。

多型とは

多型
polymorphism。DNA配列の個体差。頻度が1%以上と言われている。

Home > バイオインフォマティクスとは?

最新記事はRSSで
コメント
最新トラックバック
リンク
ブログで苗木 グリムス
blog parts

track feed

Powered by SEO Stats

ページランク

個人サイト検索 あったかNAVI

この日記のはてなブックマーク数

フィードメーター - バイオ やばいぉ・・・

tracker あわせて読みたいブログパーツ

Page Top

上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。