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Transcription Analysis of BY-2 -タバコ培養細胞BY-2株のEST

tab.jpgTranscription Analysis of BY-2
http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果(EST相互のBLASTN検索結果)が掲載されている。
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MiBASE -トマトEST

mibase.jpgMiBASE
http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html

トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述 cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。  15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。

Pig EST Data Explorer (PEDE) -ブタ全長cDNA

pede.jpgPig EST Data Explorer (PEDE)
http://pede.dna.affrc.go.jp/
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないESTやcDNA配列があるかどうか不明。INSDにすでに登録されているのでは?

iAFLPとは

iAFLP
introduced Amplified Fragment Length Polymorphism の略称。遺伝子発現量を定量する方法の一つ。cDNAのポリA末端にAFLP(増幅断片長多型)を導入し、cDNA量を測定する。

ESTとは

EST
Expressed Sequence Tagの略称。cDNAクローンを末端から一度きりシーケンスしてできるcDNAの部分的配列。遺伝子のゲノム上の位置の決定や遺伝子発現状況を調べることに利用されている

Bead Arrayとは

Bead Array
平板ではなく微粒子(Bead)に発現している遺伝子由来cDNAを固定化し、例えば、遺伝子発現解析をする。

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