Home

バイオ やばいぉ・・・

スポンサーサイト

上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
新しい記事を書く事で広告が消せます。
  • Comments (Close): -
  • TrackBack (Close): -

KNOB-Windows でバイオインフォマティクスを簡単に始める方法

Windows でバイオインフォマティクスを始めるにはまず環境を構築する必要があります。
Perl や BLAST等のソフト、プログラムのインストールのことです。

てっとり早くバイオインフォマティクスを始めてみたい人には KNOB ( Knoppix for Bio ) がお勧めです。KNOB はノブと読みます。

KNOB

この KNOB を使えばバイオインフォマティクスに必要な環境を手に入れることができます。
Knoppix for Bio は、バイオインフォマティクスの解析や学習用にカスタマイズされた 1 CD bootable Linux です。ベースには、Knoppix-jp を用いています。

KNOB のメリット
・インストールされている Windows には一切影響がない。
  KNOB はハードディスクに一切の影響を与えません。ハードディスクの中身は閲覧できますが、書き込むことはできません。KNOBはメモリ上につくられた仮想的なディスクにデータを読み書きします。KNOB 起動時に、Windows を同時に起動することはできません。

・データベースは、online のものを利用するので、CD には持たなくてもよい。
  EMBOSS からは、emboss.defalut を利用。BioRuby, BioPerl は、BioRegistry? (/etc/bioinformatics/seqdatabase.ini)を利用することで、GenBank? などの配列を自由に使えます。また、Windowsのパーティションにデータベースを入れておけば、それを利用することも可能です。

・一枚でみんな幸せ
  DNA配列解析環境を購入しても、ライセンスの問題で、一台のマシンに入れることしかできないので、他の誰かが使っていたら使えない。その点、KNOPPIX for Bio は、SSH でリモートログインできるので、スペックの許す限り、何人ででも利用できます。VNC Server も同梱されています。

・コピペ系Bioinformaticsで十分な人も幸せ
SSH, VNC を利用しなくても、EMBOSS + EMBOSS::GUI を利用して、自分の windows マシンの In  ternet Explorer から、コピペ系配列解析ができる!


KNOBにインストールされているソフト一覧
GNUPLOT 4.0.0-2.1
Ruby 1.8.4
mysql-ruby(MySQL)
libdbi-ruby(DBI)
libdb4.3(BDB)
libreadline-ruby
libdbm-ruby
libcurses-ruby
libbigdecimal-ruby
irb
librexml-ruby
libopenssl-ruby
libiconv-ruby
liberb-ruby
libdrb-ruby
libdl-ruby
libdbm-ruby
soap4r
rdoc
libzlib-ruby
libyaml-ruby
libxmlrpc-ruby
libtest-unit-ruby
libstrscan-ruby
ri
Perl v5.8.7
GD
SOAP::Lite
Bundle::XML
MedBio 0.10.1
Primer3 1.1.8-1
EMBOSS 3.0.0
BioRuby 1.0
Bioperl 1.4-1
G-language 1.0.1 BETA
R 4.0.0-2.1
BioConductor 1.7
QTLCart 1.01-9-1
FASTA2 v2.1u00
FASTA3 version 3.4t25
Graphviz 2.2.1-1sarge1
SIM4 2003.09.21-3
meme-mast 3.0.4-3
meta-meme 3.2-2
Sun JRE+JDK(一部) 1.5.0_06
Taverna 1.4

※本来ならばソフトの役割(塩基配列の相同性を検索するソフトなど)を説明すべきかもしれませんが、今回はKNOBがどれだけバイオインフォマティクス系のソフトを収録しているかを強調する形にしました。
スポンサーサイト

Home

最新記事はRSSで
コメント
最新トラックバック
リンク
ブログで苗木 グリムス
blog parts

track feed

Powered by SEO Stats

ページランク

個人サイト検索 あったかNAVI

この日記のはてなブックマーク数

フィードメーター - バイオ やばいぉ・・・

tracker あわせて読みたいブログパーツ

Page Top

上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。