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ClustalWで大量の配列をアライメントする

ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FASTA(FastAlignment)を実行すると、早くアライメントすることが出来る。

以下そのコード。
% clustalw -output=PIR -infile=test.fasta -align -quicktree -ktuple=2 -topdiags=4 -window=4 -pairgap=5 -score= -type=DNA -transweight=0.5 -gapopen=15 -gapext=6.66 -maxdiv=30 -dnamatrix=clustalw >test.clwlog&
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