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Transcription Analysis of BY-2 -タバコ培養細胞BY-2株のEST

tab.jpgTranscription Analysis of BY-2
http://mrg.psc.riken.go.jp/strc/index.htm
タバコ由来の培養細胞BY-2株のcDNAライブラリを構築し、EST配列を決定した。 各ESTのBLASTXアノテーション、クラスタリンク結果(EST相互のBLASTN検索結果)が掲載されている。
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PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression) ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現

pride.jpgPRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能。

Pig EST Data Explorer (PEDE) -ブタ全長cDNA

pede.jpgPig EST Data Explorer (PEDE)
http://pede.dna.affrc.go.jp/
ブタ全長cDNAクローンのEST、そのアセンブルコンティグ、そのアノテーション、選抜したクローンの全長配列が掲載されている。 クローン配布のリソースバンクとしても機能。 アセンブル過程で見つかったSNPが Pig cSNP Databaseとして別途データベース化されている。ここにしかないESTやcDNA配列があるかどうか不明。INSDにすでに登録されているのでは?

Medaka EST database -メダカ遺伝子発現 データベース

est.jpg
Medaka EST database
http://medaka.lab.nig.ac.jp/est_index.html
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ(Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している メダカ遺伝子発現 データベース。

ESTとは

EST
Expressed Sequence Tagの略称。cDNAクローンを末端から一度きりシーケンスしてできるcDNAの部分的配列。遺伝子のゲノム上の位置の決定や遺伝子発現状況を調べることに利用されている

EST

EST

Expressed Sequence Tagの略。生体中で発現している遺伝子のうち一部分の配列。cDNAライブラリーから単離したクローンからシークエンシングすることで得られる。このESTを大量に登録したデータベースとして、NCBIのdbESTがある。

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