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ClustalWでアライメント

Bio::AlignIO->newFh()を使うことにより、アウトプットのフォーマットを指定することができます。

use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
use Bio::AlignIO;
use strict;
my $infile = 'test2.fas';
my $outfile = $infile.'.out';
my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'protein', 'matrix' => 'BLOSUM',
'outfile' => $outfile);
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
my $aln = $factory->align($infile);
my $string = Bio::AlignIO->newFh('-format' => 'clustalw');
print $string $aln;


01:use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
02:use Bio::AlignIO;
03:use strict;
04:my $infile = 'test2.fas';
05:my $outfile = $infile.'.out';
06:my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'protein', 'matrix' => 'BLOSUM',
07:'outfile' => $outfile);
08:my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
09:my $aln = $factory->align($infile);
10:my $string = Bio::AlignIO->newFh('-format' => 'clustalw');
11:print $string $aln;
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ClustalW,EMBOSSでの系統樹の書き方

ClustalW

treeオプションで以下のように指定する。

% clustalw -infile="test2.aln" -tree -outputtree=phylip

この結果、test2.phというファイルができます。

EMBOSS

EMBOSSで系統樹を書く方法はいくつかあります。

例えば、fdnadistとffitchを使ってみます。

% fdnadist -sequence=test2.aln -outfile=test2.fdnadist -method=f

% ffitch -datafile=test2.dst -intreefile=test2.ph -outfile=test2.ffitch

F84は距離計算の方法です。他にもkimuraの方法などがあります。

f (F84 distance model)

k (Kimura 2-parameter distance)

j (Jukes-Cantor distance)

l (LogDet distance)

s (Similarity table)


ffitchでのtreeファイルの読み込みはオプションです。

読み込ませない場合は-nointreefileと指定します。

インターラクティブモードでも実行できます。

結果としてtest2.treefileというファイルができます。

ClustalWで大量の配列をアライメントする

ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FASTA(FastAlignment)を実行すると、早くアライメントすることが出来る。

以下そのコード。
% clustalw -output=PIR -infile=test.fasta -align -quicktree -ktuple=2 -topdiags=4 -window=4 -pairgap=5 -score= -type=DNA -transweight=0.5 -gapopen=15 -gapext=6.66 -maxdiv=30 -dnamatrix=clustalw >test.clwlog&

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