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PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression) ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現

pride.jpgPRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能。
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SAGE-NCBIとは

SAGE-NCBI
Serial Analysis of Gene Expression tag to Gene Mappingの略称。SAGE法による発現解析データベース。発現された遺伝子に対応する短い配列のタグを単離し分析する。細胞や組織の機能に特徴的な遺伝子発現パターンを迅速に定量定性分析できる手法と言われていた。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/

iAFLPとは

iAFLP
introduced Amplified Fragment Length Polymorphism の略称。遺伝子発現量を定量する方法の一つ。cDNAのポリA末端にAFLP(増幅断片長多型)を導入し、cDNA量を測定する。

ESTとは

EST
Expressed Sequence Tagの略称。cDNAクローンを末端から一度きりシーケンスしてできるcDNAの部分的配列。遺伝子のゲノム上の位置の決定や遺伝子発現状況を調べることに利用されている

Bead Arrayとは

Bead Array
平板ではなく微粒子(Bead)に発現している遺伝子由来cDNAを固定化し、例えば、遺伝子発現解析をする。

エピジェネティクス

エピジェネティクス(epigenetics)とは
 ゲノムDNA配列の変化を伴わず,遺伝子発現を選択的に活性化・不活性化する機構により,遺伝的情報が子孫または娘細胞に伝達される現象,その学問をいう.
 DNAのメチル化,ヒストンの翻訳後修飾によるクロマチン再構成による、DNAメチル化はDNAメチルトランスフェラーゼにより,CGが隣接してあるCpG配列に起こる.
 プロモータのCpGアイランドがメチル化されると,転写因子の結合が弱くなったり,メチル化CpG結合タンパクが結合することにより転写が阻害される.メチル化は生殖細胞系列では受精から胚盤胞期までに完全に失われ,着床後に再度新規メチル化が生じる.
 もう1つの機構はヒストンのN末端,ヒストンテールのメチル化,アセチル化,リン酸化,ユビキチン化,ADPリボース化による修飾で,転写が起こりづらいヘテロクロマチンと起こりやすいユークロマチンの間の遷移に関与する.DNAのメチル化とヒストンアセチル化は体細胞系列では娘細胞へ伝達される.動物では上記のように世代ごとにリセットされるが,植物ではリセットされない.最近,哺乳類でも完全にリセットされず,子孫に伝達されるものが発見されている.

その例としてはクローン羊ドリーをはじめとするクローン動物において 体細胞を元にクローンをつくる今の技術では元の体細胞のリセットが完全にされないままであるということがあげられる。これはクローン動物の異常な老化速度の原因のひとつとなっている。たとえば、ドリーに関しては生まれた際すでに六歳相当の老化が進んでいたそうだ。
 
 またSNP解析が困難な理由の1つには遺伝子発現はエピジェネティックな機構により修飾されているので,必ずしもSNPと表現型の間に有意な関係が検出されないことによる.

2008年11月22日 「最近,哺乳類でも完全にリセットされず,子孫に伝達されるものが発見されている.」について追記しました。  
Thanks iwaiyさん!(生物史から、自然の摂理を読み解く)

遺伝子の発現とは

遺伝子の「発現」
 遺伝子が働いてタンパク質を作ることを「発現」という。各組織や細胞によって、どの遺伝子が働き、どれだけの量のたんぱく質を作り出しているかは異なる。

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