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トレースアーカイブとは

トレースアーカイブ
ATCGの4つの文字で表現される塩基配列はシークエンサーからの出力波形データをもとに決定されている。トレースアーカイブ(trace archive)とはその波形データ等のアーカイブのこと。

NCBI内Traces Archiveコンテンツ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi
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リシーケンシングとは

リシーケンシング
resequencing。既に読まれた塩基配列を再び読み直し、既知の塩基配列と比較することで、変異を検出することができる。シークエンサーのエラー修正に使う。

MPSSとは

MPSS
Massively Parallel Signature Sequencingの略称。polyAよりのGATCから下流17塩基の特定領域の塩基配列を読み、その配列から遺伝子を推定し頻度から発現量を調べる手法。

INSDC divisionとは

INSDC division
国際塩基配列データベース(INSDC)の取り決めにおける塩基配列の分類。生物分類(例えば、霊長類、植物など比較的大きな分類)とESTやGSSのような実験手法、特許由来(PAT)のような折衷分類。DDBJの場合は20種類。1レコードに1つ付与される。

BioPerlで塩基配列を扱ってみよう

この実習では塩基配列をアミノ酸配列への翻訳を行います。
いままでずっと、アミノ酸配列を扱ってきたので、気分転換に塩基配列を扱ってみたいと思います。
基本的には変わりません。というか流れは全く変わりません。変わったのは扱う配列の種類です。

まずは塩基配列のデータをgenbank からとってきましょう。
コードは以下。テキストエディタなどにコピペしてファイル名はtest4.plとしましょう。

use Bio::Perl;
use Bio::Tools::SeqStats;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_dna);
print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";


またそのファイルは
XPの場合 C:\Documents and Settings\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はマイコンピューター→Cドライブ→Documents and Settings→ユーザー名とクリックしていけばたどり着きます。
Vistaの場合 C:\Users\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はコンピューター→ローカルディスク(C)→ユーザー→ユーザー名でたどり着きます。

それでですが、配列をとってくるだけでは実習1と変わらないので、前回BioPerlで分子量を計算してみようで行った分子量の計算方法を復習がてらしてみましょう。

解説
01:use Bio::Perl;
02:use Bio::Tools::SeqStats;
03:$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
04:$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_dna);
05:print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
06:$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";

かなり前回のコードと似通っているので違いだけ説明します。

詳しい解説を必要とする方はBioPerlで分子量を計算してみようをごらんになってください。

前回との違い
一つ目 03が、swissprot からgenbank に変わった。(IDも)
二つ目03と04の変数が$test_seqから$test_dnaに変わった。

まぁ一つ目はただ単に配列を取りに行くデータベースがかわっただけで、二つ目も変数の名前がかわっただけです。本当に前回と同じことをやっています。

DNAメチル化の地図

DNAのメチル化は、単一のDNA配列から異なる遺伝子発現パターンを生み出す重要なエピジェネティック修飾機構で、正常な発生に必須であり、その機能不全はがんやその他の異常の原因となることがある。今回、単一分子ベースの塩基配列解読法と組み合わせたハイスループットの重亜硫酸ナトリウムを使うゲノム解読法を用いて、胚性幹細胞やそれに由来するさまざまな種類の細胞におけるDNAメチル化地図が、ヌクレオチドレベルの分解能で作製された。この地図によって、例えば胚性幹細胞が成熟して神経細胞になる場合など、細胞の分化につれてメチル化が変化する特異的なゲノム部位が明らかになる。もっと一般的には、この方法は発生生物学やがん研究、再生医学に関係する細胞集団のエピジェネティックなプロファイリングを行う上で有用となるだろう。

この論文のアブストラクトは
        http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7205/full/nature07107.html

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