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MiBASE -トマトEST

mibase.jpgMiBASE
http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html

トマト品種Micro-Tomの果実および葉より作成したcDNAライブラリをシーケンスして得たESTを掲載している。 他プロジェクトより公開されているESTを加えて構築したUNIGENE、各UNIGENEクラスタに対応する相同遺伝子、GOタームがアノテーションとして掲載されている。 前述 cDNAライブラリより作成したマイクロアレイを用いて組織、発生ステージ、品種ごとの遺伝子発現を測定しているようだが、生データを取得できない。  15975739, Plant Biotechnol. 22: 161-165(2005) のsupplementデータ。
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PRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression) ヒャクニチソウEST/マイクロアレイ遺伝子発現

pride.jpgPRIDE (PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression)
http://mrg.psc.riken.go.jp/PRIDE/index.html
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されている。 ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されている。 マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能。

Medaka EST database -メダカ遺伝子発現 データベース

est.jpg
Medaka EST database
http://medaka.lab.nig.ac.jp/est_index.html
メダカESTとそのライブラリ情報、ESTを用いた変異マッピングシステムの解説、マイクロアレイ(Medaka Microarray 8K) の構成を掲載している メダカ遺伝子発現 データベース。

プラットフォームとは

プラットフォーム
基盤、土台が原義だが、マイクロアレイ研究では、使用するアレイあるいはチップの種類が示される。

「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」

奈良先端科学技術大学院大学にて9月8日に
GCOEセミナー
「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」
を開催するそうです。

事前申込は必要なく、興味のある方はどうでしょうか。
(セミナーの内容は録画し、動画配信する予定だそうです。)

【公開セミナー】
「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」
講師 : 大野圭一朗 氏
日時 : 9月8日 13:30 - 15:00
場所 : 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究棟 1階L1教室
(近鉄けいはんな線「学研北生駒駅」下車、徒歩20分)
http://www.naist.jp/accessmap/index_j.html

本セミナーでは、
PPI (Protein-Protein Interaction)やパスウェイと言った、生体内での分子間相互
作用を記述した新しい形式のデータを、 タンパク質などに対する既存のアノテーシ
ョンや、マイクロアレイなどの実験データと統合して扱う総合プラットフォーム「
Cytoscape」の歴史、基本的な機能を用いたデータ統合・解析・可視化の流れに加
え、生物学研究における使用例等も交えて、幾つかのプラグイン(必要な機能をユー
ザが独自に拡張できる仕組み)をコア・ディベロッパーの大野圭一朗 氏に紹介して
頂きます。

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