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BioPerlで塩基配列を扱ってみよう

この実習では塩基配列をアミノ酸配列への翻訳を行います。
いままでずっと、アミノ酸配列を扱ってきたので、気分転換に塩基配列を扱ってみたいと思います。
基本的には変わりません。というか流れは全く変わりません。変わったのは扱う配列の種類です。

まずは塩基配列のデータをgenbank からとってきましょう。
コードは以下。テキストエディタなどにコピペしてファイル名はtest4.plとしましょう。

use Bio::Perl;
use Bio::Tools::SeqStats;
$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_dna);
print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";


またそのファイルは
XPの場合 C:\Documents and Settings\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はマイコンピューター→Cドライブ→Documents and Settings→ユーザー名とクリックしていけばたどり着きます。
Vistaの場合 C:\Users\ユーザー名に置きましょう。
アクセス手順はコンピューター→ローカルディスク(C)→ユーザー→ユーザー名でたどり着きます。

それでですが、配列をとってくるだけでは実習1と変わらないので、前回BioPerlで分子量を計算してみようで行った分子量の計算方法を復習がてらしてみましょう。

解説
01:use Bio::Perl;
02:use Bio::Tools::SeqStats;
03:$test_dna = get_sequence('genbank', "X12671");
04:$weight = Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt($test_dna);
05:print "\nMolecular weight of the sequence is between ",
06:$$weight[0], " and " , $$weight[1], "\n";

かなり前回のコードと似通っているので違いだけ説明します。

詳しい解説を必要とする方はBioPerlで分子量を計算してみようをごらんになってください。

前回との違い
一つ目 03が、swissprot からgenbank に変わった。(IDも)
二つ目03と04の変数が$test_seqから$test_dnaに変わった。

まぁ一つ目はただ単に配列を取りに行くデータベースがかわっただけで、二つ目も変数の名前がかわっただけです。本当に前回と同じことをやっています。
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 DNA情報のReverse+Complement、タンパク質への翻訳の際の正しいフレーム探し、アミノ酸の1文字表記を3文字表記にするといったちょっとしたシーケンスの処理を行える。

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